RTCGAToolbox: a new tool for exporting TCGA Firehose data.
RTCGAToolbox: a new tool for exporting TCGA Firehose data.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0106397
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Samur MK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Samur MK
管理大型项目（例如癌症基因组图谱 (TCGA)）的数据以进行进一步分析对于研究项目来说是一个重要且耗时的步骤。 Firehose 项目等多项努力通过网络服务和数据门户公开提供 TCGA 预处理数据，但必须管理、下载这些信息并为后续步骤做好准备。我们开发了一个开源且可扩展的基于 R 的数据客户端，用于预处理来自 Firehouse 的数据，并通过示例案例研究演示其用途。结果表明，我们的 RTCGAToolbox 可以为有兴趣使用 TCGA 数据的研究人员提供数据管理便利。 RTCGAToolbox 还可以与其他分析管道集成以进行进一步的数据处理。 RTCGAToolbox 是开源的，并根据 GNU 通用公共许可证版本 2.0 获得许可。适用于 Linux 和 Mac OS X 操作系统的 RTCGAToolbox 的所有文档和源代码均可在 http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/ 上免费获取。
Managing data from large-scale projects (such as The Cancer Genome Atlas (TCGA)) for further analysis is an important and time consuming step for research projects. Several efforts, such as the Firehose project, make TCGA pre-processed data publicly available via web services and data portals, but this information must be managed, downloaded and prepared for subsequent steps. We have developed an open source and extensible R based data client for pre-processed data from the Firehouse, and demonstrate its use with sample case studies. Results show that our RTCGAToolbox can facilitate data management for researchers interested in working with TCGA data. The RTCGAToolbox can also be integrated with other analysis pipelines for further data processing. The RTCGAToolbox is open-source and licensed under the GNU General Public License Version 2.0. All documentation and source code for RTCGAToolbox is freely available at http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/ for Linux and Mac OS X operating systems.
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影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
影响因子：
3.7
作者：
Samur MK;Yan Z;Wang X;Cao Q;Munshi NC;Li C;Shah PK
通讯作者：
Shah PK
影响因子：
30.8
作者：
Weinstein, John N.;Collisson, Eric A.;Mills, Gordon B.;Shaw, Kenna R. Mills;Ozenberger, Brad A.;Ellrott, Kyle;Shmulevich, Ilya;Sander, Chris;Stuart, Joshua M.
通讯作者：
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RCIRCOS：Circos 2D轨道图的R包。
影响因子：
3
作者：
Zhang H;Meltzer P;Davis S
通讯作者：
Davis S
影响因子：
14.9
作者：
Haider S;Ballester B;Smedley D;Zhang J;Rice P;Kasprzyk A
通讯作者：
Kasprzyk A