Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.
Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.
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DOI：
10.1126/scisignal.2004088
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发表时间：
2013-04-02
影响因子：
7.3
通讯作者：
Schultz N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
癌症基因组学的cbiopportal （http://cbioportal.org）提供了一个用于探索、可视化和分析多维癌症基因组学数据的Web资源。该门户将来自癌症组织和细胞系的分子谱数据简化为易于理解的遗传、表观遗传、基因表达和蛋白质组学事件。查询界面与定制的数据存储相结合，使研究人员能够交互式地探索样本、基因和途径之间的遗传变化，并在基础数据中可用时，将这些与临床结果联系起来。该门户提供来自多个平台的基因级数据的图形摘要、网络可视化和分析、生存分析、以患者为中心的查询和软件编程访问。该门户网站直观的Web界面使研究人员和临床医生无需生物信息学专业知识即可访问复杂的癌症基因组图谱，从而促进生物学发现。在这里，我们提供了一个实用的指南，以分析和可视化的特点，为癌症基因组学的cbiopportal。
The cBioPortal for Cancer Genomics (http://cbioportal.org) provides a Web resource for exploring, visualizing, and analyzing multidimensional cancer genomics data. The portal reduces molecular profiling data from cancer tissues and cell lines into readily understandable genetic, epigenetic, gene expression, and proteomic events. The query interface combined with customized data storage enables researchers to interactively explore genetic alterations across samples, genes, and pathways and, when available in the underlying data, to link these to clinical outcomes. The portal provides graphical summaries of gene-level data from multiple platforms, network visualization and analysis, survival analysis, patient-centric queries, and software programmatic access. The intuitive Web interface of the portal makes complex cancer genomics profiles accessible to researchers and clinicians without requiring bioinformatics expertise, thus facilitating biological discoveries. Here, we provide a practical guide to the analysis and visualization features of the cBioPortal for Cancer Genomics.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
宇宙（癌症中的体细胞突变目录）数据库和网站。
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作者：
Bamford, S;Dawson, E;Forbes, S;Clements, J;Pettett, R;Dogan, A;Flanagan, A;Teague, J;Futreal, PA;Stratton, MR;Wooster, R
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作者：
Keshava Prasad TS;Goel R;Kandasamy K;Keerthikumar S;Kumar S;Mathivanan S;Telikicherla D;Raju R;Shafreen B;Venugopal A;Balakrishnan L;Marimuthu A;Banerjee S;Somanathan DS;Sebastian A;Rani S;Ray S;Harrys Kishore CJ;Kanth S;Ahmed M;Kashyap MK;Mohmood R;Ramachandra YL;Krishna V;Rahiman BA;Mohan S;Ranganathan P;Ramabadran S;Chaerkady R;Pandey A
通讯作者：
Pandey A
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Schaefer, Carl F.;Anthony, Kira;Buetow, Kenneth H.
通讯作者：
Buetow, Kenneth H.