The mechanism underlying redundant functions of the YTHDF proteins.
The mechanism underlying redundant functions of the YTHDF proteins.
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DOI：
10.1186/s13059-023-02862-8
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发表时间：
2023-01-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
YTH N6-甲基腺苷RNA结合蛋白（YTHDFS）介导N6-甲基二苯胺（M6A）对RNA的功能作用。最近，一份报告提出，所有YTHDF都可以裁员以促进RNA衰减，从而提出了有关单个YTHDF的确切功能（尤其是YTHDF1和YTHDF2）的问题。我们表明，YTHDF1和YTHDF2在其低复合域（LCD）上有所不同，并且在凝结物形成和随后的生理功能中表现出不同的行为。从生物学上讲，我们还发现所有YTHDF耗尽后RNA的全球稳定均由P体的形成增加而驱动，并且并非严格取决于M6A。
在线版本包含的补充材料可获得10.1186/s13059-023-02862-8。
The YTH N6-methyladenosine RNA binding proteins (YTHDFs) mediate the functional effects of N6-methyladenosine (m6A) on RNA. Recently, a report proposed that all YTHDFs work redundantly to facilitate RNA decay, raising questions about the exact functions of individual YTHDFs, especially YTHDF1 and YTHDF2. We show that YTHDF1 and YTHDF2 differ in their low-complexity domains (LCDs) and exhibit different behaviors in condensate formation and subsequent physiological functions. Biologically, we also find that the global stabilization of RNA after depletion of all YTHDFs is driven by increased P-body formation and is not strictly m6A dependent. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-023-02862-8.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
YTHDF2 通过直接招募 CCR4-NOT 去腺苷酶复合物来破坏含有 m(6)A 的 RNA 的稳定性。
影响因子：
16.6
作者：
Du, Hao;Zhao, Ya;He, Jinqiu;Zhang, Yao;Xi, Hairui;Liu, Mofang;Ma, Jinbiao;Wu, Ligang
通讯作者：
Wu, Ligang
影响因子：
10.5
作者：
Lasman L;Krupalnik V;Viukov S;Mor N;Aguilera-Castrejon A;Schneir D;Bayerl J;Mizrahi O;Peles S;Tawil S;Sathe S;Nachshon A;Shani T;Zerbib M;Kilimnik I;Aigner S;Shankar A;Mueller JR;Schwartz S;Stern-Ginossar N;Yeo GW;Geula S;Novershtern N;Hanna JH
通讯作者：
Hanna JH
影响因子：
14.9
作者：
Frankish A;Diekhans M;Ferreira AM;Johnson R;Jungreis I;Loveland J;Mudge JM;Sisu C;Wright J;Armstrong J;Barnes I;Berry A;Bignell A;Carbonell Sala S;Chrast J;Cunningham F;Di Domenico T;Donaldson S;Fiddes IT;García Girón C;Gonzalez JM;Grego T;Hardy M;Hourlier T;Hunt T;Izuogu OG;Lagarde J;Martin FJ;Martínez L;Mohanan S;Muir P;Navarro FCP;Parker A;Pei B;Pozo F;Ruffier M;Schmitt BM;Stapleton E;Suner MM;Sycheva I;Uszczynska-Ratajczak B;Xu J;Yates A;Zerbino D;Zhang Y;Aken B;Choudhary JS;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJP;Kellis M;Paten B;Reymond A;Tress ML;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
影响因子：
10.5
作者：
Flamand, Mathieu N.;Ke, Ke;Tamming, Renee;Meyer, Kate D.
通讯作者：
Meyer, Kate D.