HTSeq--a Python framework to work with high-throughput sequencing data.
HTSeq--a Python framework to work with high-throughput sequencing data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
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发表时间：
2015-01-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Huber W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
动机：在高通量测序(HTS)数据分析中，许多标准任务都有大量的工具可供选择。但是，一旦项目偏离标准工作流，就需要自定义脚本。结果：我们提出了HTSeq，这是一个帮助快速开发此类脚本的Python库。HTSeq为HTS项目中的许多常见数据格式提供了解析器，并提供了表示数据的类，如基因组坐标、序列、序列读取、比对、基因模型信息和变体调用，并提供了允许通过基因组坐标进行查询的数据结构。我们还介绍了HTSeq-Count，这是一个用HTSeq开发的工具，它通过计算读数与基因的重叠来预处理RNA-Seq数据，以进行差异表达分析。可获得性和实现：HTSeq是在GNU通用公共许可证下作为开源软件发布的，可从http://www-huber.embl.de/HTSeq或https://pypi.python.org/pypi/HTSeq.上的Python包索引获得联系人：Sanders@fs.um.de
Motivation: A large choice of tools exists for many standard tasks in the analysis of high-throughput sequencing (HTS) data. However, once a project deviates from standard workflows, custom scripts are needed. Results: We present HTSeq, a Python library to facilitate the rapid development of such scripts. HTSeq offers parsers for many common data formats in HTS projects, as well as classes to represent data, such as genomic coordinates, sequences, sequencing reads, alignments, gene model information and variant calls, and provides data structures that allow for querying via genomic coordinates. We also present htseq-count, a tool developed with HTSeq that preprocesses RNA-Seq data for differential expression analysis by counting the overlap of reads with genes. Availability and implementation: HTSeq is released as an open-source software under the GNU General Public Licence and available from http://www-huber.embl.de/HTSeq or from the Python Package Index at https://pypi.python.org/pypi/HTSeq. Contact: sanders@fs.tum.de
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
2.1
作者：
van der Walt, Stefan;Colbert, S. Chris;Varoquaux, Gael
通讯作者：
Varoquaux, Gael
PybedTools：一个灵活的Python库，用于操纵基因组数据集和注释。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr539
发表时间：
2011-12-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Dale RK;Pedersen BS;Quinlan AR
通讯作者：
Quinlan AR