Estimating diversification rates: how useful are divergence times?
Estimating diversification rates: how useful are divergence times?
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DOI：
10.1111/j.1558-5646.2010.01159.x
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发表时间：
2011-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sanderson MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wertheim JO;Sanderson MJ
物种多样化率的动态变化是宏观进化模式的一个重要组成部分。虽然不是绝对必要的，但从序列数据推断出的散度时间的使用已经导致了推断多样化率的更有力方法的发展。然而，年龄估计的不确定性对多元化率推断的影响尚不清楚。在这里，我们使用贝叶斯和频率方法来量化这些影响。通过模拟，我们证明了添加序列数据可以更精确地估计内部节点年龄，但这些节点年龄的合理近似值通常足以接近物种形成率估计的理论最小方差。我们还发现，即使是对分化时间的粗略估计，也会增加姊妹进化枝之间多样化率差异测试的能力。最后，由于贝叶斯方法和频率方法提供了类似的误差评估，新的贝叶斯方法可能为在比这里讨论的更复杂的情况下测试多样化率提供一个有用的框架。
The dynamics of species diversification rates are a key component of macroevolutionary patterns. Though not absolutely necessary, the use of divergence times inferred from sequence data has led to development of more powerful methods for inferring diversification rates. However, it is unclear what impact uncertainty in age estimates has on diversification rate inferences. Here we quantify these effects using both Bayesian and frequentist methodology. Through simulation, we demonstrate that adding sequence data results in more precise estimates of internal node ages, but a reasonable approximation of these node ages is often sufficient to approach the theoretical minimum variance in speciation rate estimates. We also find that even crude estimates of divergence times increase the power of tests of diversification rate differences between sister clades. Finally, because Bayesian and frequentist methods provided similar assessments of error, novel Bayesian approaches may provide a useful framework for tests of diversification rates in more complex contexts than are addressed here.
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10.1098/rstb.2004.1523
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