Relaxed phylogenetics and dating with confidence.
Relaxed phylogenetics and dating with confidence.
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DOI：
10.1371/journal.pbio.0040088
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发表时间：
2006-05
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Rambaut A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Drummond AJ;Ho SY;Phillips MJ;Rambaut A
在系统发育学中，无根基的系统发育模型和严格的分子钟模型是一个连续体的两个极端。尽管它们在系统发育推论中占据主导地位，但很明显，两者在生物学上都是不现实的，真正的进化过程位于这两个极端之间。幸运的是，已经描述了使用松弛分子钟的中间模型。这些模型打开了一个新的“轻松的系统发育”领域的大门。在这里，我们介绍了一种新的方法来进行松弛的系统发育分析。我们描述了如何在面临进化速度和校准时间的不确定性的情况下，使用它来估计系统发育和分歧时间。我们的方法还提供了一种测量数据集的类似时钟的方法，并在不同的基因和系统发育之间比较这种测量。我们在三个大型数据集中没有发现显著的分支率自相关性，这表明自相关模型不一定适用于这些数据。此外，我们将这些数据集放置在严格的分子时钟和可选的无根极端之间的类似时钟的连续体上。最后，我们提供了102个细菌、106个酵母、61个植物、99个后生动物和500个灵长类的比对分析。从这些我们得出的结论是，我们的方法在系统发育上比传统的无根模型更准确和精确，同时增加了推断进化的时间尺度的能力。这种新的方法可以同时推断系统发育和估计分子时钟。作者在几个大的比对上运行了他们的方法，以显示其系统发育的准确性和推断进化的时间尺度的能力。
In phylogenetics, the unrooted model of phylogeny and the strict molecular clock model are two extremes of a continuum. Despite their dominance in phylogenetic inference, it is evident that both are biologically unrealistic and that the real evolutionary process lies between these two extremes. Fortunately, intermediate models employing relaxed molecular clocks have been described. These models open the gate to a new field of “relaxed phylogenetics.” Here we introduce a new approach to performing relaxed phylogenetic analysis. We describe how it can be used to estimate phylogenies and divergence times in the face of uncertainty in evolutionary rates and calibration times. Our approach also provides a means for measuring the clocklikeness of datasets and comparing this measure between different genes and phylogenies. We find no significant rate autocorrelation among branches in three large datasets, suggesting that autocorrelated models are not necessarily suitable for these data. In addition, we place these datasets on the continuum of clocklikeness between a strict molecular clock and the alternative unrooted extreme. Finally, we present analyses of 102 bacterial, 106 yeast, 61 plant, 99 metazoan, and 500 primate alignments. From these we conclude that our method is phylogenetically more accurate and precise than the traditional unrooted model while adding the ability to infer a timescale to evolution. This new method can simultaneously infer phylogeny and estimate the molecular clock. The authors run their method on several large alignments to show its phylogenetic accuracy and ability to infer a timescale to evolution.
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DOI：
10.1266/jjg.64.243
发表时间：
1989-08-01
期刊：
JAPANESE JOURNAL OF GENETICS
影响因子：
--
作者：
HASEGAWA, M;KISHINO, H
通讯作者：
KISHINO, H
影响因子：
64.8
作者：
Ferguson, NM;Galvani, AP;Bush, RM
通讯作者：
Bush, RM
DOI：
10.1073/pnas.94.15.7712
发表时间：
1997-07-22
影响因子：
11.1
作者：
Fitch, WM;Bush, RM;Cox, NJ
通讯作者：
Cox, NJ
影响因子：
6.5
作者：
Buckley, TR
通讯作者：
Buckley, TR
影响因子：
3.3
作者：
Ewing, G;Nicholls, G;Rodrigo, A
通讯作者：
Rodrigo, A