Mouse-human experimental epigenetic analysis unmasks dietary targets and genetic liability for diabetic phenotypes.
Mouse-human experimental epigenetic analysis unmasks dietary targets and genetic liability for diabetic phenotypes.
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DOI：
10.1016/j.cmet.2014.12.014
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发表时间：
2015-01-06
期刊：
影响因子：
29
通讯作者：
Feinberg AP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Multhaup ML;Seldin MM;Jaffe AE;Lei X;Kirchner H;Mondal P;Li Y;Rodriguez V;Drong A;Hussain M;Lindgren C;McCarthy M;Näslund E;Zierath JR;Wong GW;Feinberg AP
我们利用功能性方法研究 2 型糖尿病 (T2D) 的表观遗传学，结合了三方面的证据——小鼠饮食引起的表观遗传失调、人类表观遗传保守性以及 T2D 临床风险证据——通过与肥胖相关的表观遗传机制来识别与 T2D 发病机制有关的基因。从基因同质小鼠的饮食控制开始，我们鉴定了差异 DNA 甲基化基因组区域。然后，我们在 Roux-en-Y 胃绕道手术前后的瘦和肥胖患者的脂肪样本中复制这些结果，确定甲基化变化的位置和方向都保守的区域。这些区域与 27 个 T2D 遗传风险位点重叠，仅 GWAS 认为其中只有一个显着。对这些区域相关基因的功能分析揭示了四个在胰岛素抵抗中发挥作用的基因，证明了这种方法通过整合跨物种表观基因组学和临床遗传风险来补充传统人类遗传学研究的潜在通用性。
Using a functional approach to investigate the epigenetics of Type 2 Diabetes (T2D), we combine three lines of evidence – diet-induced epigenetic dysregulation in mouse, epigenetic conservation in humans, and T2D clinical risk evidence – to identify genes implicated in T2D pathogenesis through epigenetic mechanisms related to obesity. Beginning with dietary manipulation of genetically homogeneous mice, we identify differentially DNA-methylated genomic regions. We then replicate these results in adipose samples from lean and obese patients pre- and post-Roux-en-Y gastric bypass, identifying regions where both the location and direction of methylation change is conserved. These regions overlap with 27 genetic T2D risk loci, only one of which was deemed significant by GWAS alone. Functional analysis of genes associated with these regions revealed four genes with roles in insulin resistance, demonstrating the potential general utility of this approach for complementing conventional human genetic studies by integrating cross-species epigenomics and clinical genetic risk.
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影响因子：
3.1
作者：
Kirchner, Henriette;Nylen, Carolina;Naslund, Erik
通讯作者：
Naslund, Erik
脂肪组织 microRNA 作为人类肥胖中 CCL2 产生的调节因子。
影响因子：
7.7
作者：
Arner E;Mejhert N;Kulyté A;Balwierz PJ;Pachkov M;Cormont M;Lorente-Cebrián S;Ehrlund A;Laurencikiene J;Hedén P;Dahlman-Wright K;Tanti JF;Hayashizaki Y;Rydén M;Dahlman I;van Nimwegen E;Daub CO;Arner P
通讯作者：
Arner P
影响因子：
64.5
作者：
Hnisz D;Abraham BJ;Lee TI;Lau A;Saint-André V;Sigova AA;Hoke HA;Young RA
通讯作者：
Young RA
DOI：
10.1007/978-1-59745-019-5_13
发表时间：
2010-01-01
期刊：
MOUSE CELL CULTURE: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Li, Wan-Chun;Ralphs, Kate L.;Tosh, David
通讯作者：
Tosh, David
影响因子：
7.7
作者：
Hussain, MA;Daniel, PB;Habener, JF
通讯作者：
Habener, JF