ConPlot: web-based application for the visualization of protein contact maps integrated with other data.
ConPlot: web-based application for the visualization of protein contact maps integrated with other data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab049
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发表时间：
2021-09-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rigden DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sánchez Rodríguez F;Mesdaghi S;Simpkin AJ;Burgos-Mármol JJ;Murphy DL;Uski V;Keegan RM;Rigden DJ
基于协方差的残基接触和残基间距离预测在蛋白质生物信息学中是一种日益流行的数据类型。在这里，我们介绍了ConPlot，这是一个基于Web的应用程序，用于方便地显示和分析联系人地图和距离图。为了便于结构特征的推断，经常需要将预测的接触数据与其他预测相结合。因此，ConPlot可以使用联系人地图对角线附近的空白区域来显示代表其他基于序列的预测的多个彩色轨迹。流行的文件格式是本机读取的，定制的数据也可以灵活地显示。这种新颖的可视化将使预测的联系人地图更容易解释。可在www.conplot.org上在线获得，以及文档和示例。或者，可以使用项目的Docker Hub存储库中的docker镜像在本地安装和使用ConPlot。ConPlot是根据BSD 3-条款授权的。补充数据可在生物信息学在线上获得。
Covariance-based predictions of residue contacts and inter-residue distances are an increasingly popular data type in protein bioinformatics. Here we present ConPlot, a web-based application for convenient display and analysis of contact maps and distograms. Integration of predicted contact data with other predictions is often required to facilitate inference of structural features. ConPlot can therefore use the empty space near the contact map diagonal to display multiple coloured tracks representing other sequence-based predictions. Popular file formats are natively read and bespoke data can also be flexibly displayed. This novel visualization will enable easier interpretation of predicted contact maps. available online at www.conplot.org, along with documentation and examples. Alternatively, ConPlot can be installed and used locally using the docker image from the project’s Docker Hub repository. ConPlot is licensed under the BSD 3-Clause. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Tsirigos KD;Peters C;Shu N;Käll L;Elofsson A
通讯作者：
Elofsson A
影响因子：
4.3
作者：
Alford RF;Koehler Leman J;Weitzner BD;Duran AM;Tilley DC;Elazar A;Gray JJ
通讯作者：
Gray JJ
影响因子：
14.9
作者：
Kozma, Daniel;Simon, Istvan;Tusnady, Gabor E.
通讯作者：
Tusnady, Gabor E.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn248
发表时间：
2008-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Miller CS;Eisenberg D
通讯作者：
Eisenberg D
影响因子：
5.8
作者：
Vehlow, Corinna;Stehr, Henning;Lappe, Michael
通讯作者：
Lappe, Michael