Nuclear magnetic resonance reveals a two hairpin equilibrium near the 3'-splice site of influenza A segment 7 mRNA that can be shifted by oligonucleotides.
Nuclear magnetic resonance reveals a two hairpin equilibrium near the 3'-splice site of influenza A segment 7 mRNA that can be shifted by oligonucleotides.
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DOI：
10.1261/rna.078951.121
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发表时间：
2022-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Turner DH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kauffmann AD;Kennedy SD;Moss WN;Kierzek E;Kierzek R;Turner DH
甲型流感每年在全球造成数十万人死亡，并有可能引发更严重的流行病。甲型流感的 RNA 基因组和转录组提供了许多潜在的治疗靶点。在这里，核磁共振 (NMR) 实验表明，这样的目标之一可能是假结中 8 个核苷酸的发夹环，它将 3' 剪接位点隔离在规范对中，直到构象变化将其释放到动态 2 × 2-nt 内部环中。核磁共振实验表明，发夹环是动态的，能够结合像五聚体一样短的寡核苷酸。该复合物的 3D NMR 结构在五聚体和环之间包含 4 个和可能 5 个 bp。此外，还发现了一个发夹序列，它模拟流感发夹在假结中的结构与剪接位点释放时的结构之间的平衡。寡核苷酸结合将平衡完全转变为假结折叠所需的发夹二级结构。结果表明，这种发夹可用于筛选稳定假结并可能减少剪接的化合物。
Influenza A kills hundreds of thousands of people globally every year and has the potential to generate more severe pandemics. Influenza A's RNA genome and transcriptome provide many potential therapeutic targets. Here, nuclear magnetic resonance (NMR) experiments suggest that one such target could be a hairpin loop of 8 nucleotides in a pseudoknot that sequesters a 3′ splice site in canonical pairs until a conformational change releases it into a dynamic 2 × 2-nt internal loop. NMR experiments reveal that the hairpin loop is dynamic and able to bind oligonucleotides as short as pentamers. A 3D NMR structure of the complex contains 4 and likely 5 bp between pentamer and loop. Moreover, a hairpin sequence was discovered that mimics the equilibrium of the influenza hairpin between its structure in the pseudoknot and upon release of the splice site. Oligonucleotide binding shifts the equilibrium completely to the hairpin secondary structure required for pseudoknot folding. The results suggest this hairpin can be used to screen for compounds that stabilize the pseudoknot and potentially reduce splicing.
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DOI：
10.1021/jp408909t
发表时间：
2014-02-06
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Condon DE;Yildirim I;Kennedy SD;Mort BC;Kierzek R;Turner DH
通讯作者：
Turner DH
测试最接近的邻居模型的规范RNA碱基对：GU参数的修订。
影响因子：
2.9
作者：
Chen JL;Dishler AL;Kennedy SD;Yildirim I;Liu B;Turner DH;Serra MJ
通讯作者：
Serra MJ
影响因子：
158.5
作者：
Goemans, Nathalie M.;Tulinius, Mar;van Deutekom, Judith C.
通讯作者：
van Deutekom, Judith C.
影响因子：
15
作者：
Barnes, TW;Turner, DH
通讯作者：
Turner, DH
影响因子：
4.5
作者：
Childs, JL;Poole, AW;Turner, DH
通讯作者：
Turner, DH