Testing the nearest neighbor model for canonical RNA base pairs: revision of GU parameters.
Testing the nearest neighbor model for canonical RNA base pairs: revision of GU parameters.
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测试最接近的邻居模型的规范RNA碱基对：GU参数的修订。
DOI：
10.1021/bi3002709
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发表时间：
2012-04-24
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Serra MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen JL;Dishler AL;Kennedy SD;Yildirim I;Liu B;Turner DH;Serra MJ
GU对的热力学参数对于预测RNA的二级结构和寻找编码结构化RNA的基因组序列是重要的。测定了29个含有GU对的RNA双链体的光学熔解曲线，以改进预测螺旋稳定性的最近邻参数。更新后的模型消除了先前的惩罚假设终端GU对。在先前数据库中的单一表示中添加了6个额外的具有5′GG/3′UU基序的双链体。这将5′GG/3′UU基序的ΔG°37从不利的0.5 kcal/mol修正为有利的−0.2 kcal/mol。类似地，5′UG/3′GU基序的ΔG°37从0.3 kcal/mol变化到−0.6 kcal/mol。扩展数据库的预测值和实验值之间的相关系数分别为0.95、0.89和0.87。这一结果将改善RNA二级结构的预测。
Thermodynamic parameters for GU pairs are important for predicting the secondary structures of RNA and for finding genomic sequences that code for structured RNA. Optical melting curves were measured for 29 RNA duplexes with GU pairs to improve nearest neighbor parameters for predicting stabilities of helixes. The updated model eliminates a prior penalty assumed for terminal GU pairs. Six additional duplexes with the 5′GG/3′UU motif were added to the single representation in the previous database. This revises the ΔG°37 for the 5′GG/3′UU motif from an unfavorable 0.5 kcal/mol to a favorable −0.2 kcal/mol. Similarly, the ΔG°37 for the 5′UG/3′GU motif changes from 0.3 to −0.6 kcal/mol. The correlation coefficients between predicted and experimental ΔG°37, ΔH°, and ΔS° for the expanded database are 0.95, 0.89, and 0.87, respectively. The results should improve predictions of RNA secondary structure.
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