Discovery of a novel CHD7 CHARGE syndrome variant by integrated omics analyses.
Discovery of a novel CHD7 CHARGE syndrome variant by integrated omics analyses.
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通过整合组学分析发现一种新的CHD7 CHARGE综合征变体
DOI：
10.1002/ajmg.a.61962
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Undiagnosed Diseases Network
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Granadillo JL;Wegner DJ;Paul AJ;Willing M;Sisco K;Tedder ML;Sadikovic B;Wambach JA;Baldridge D;Cole FS;Undiagnosed Diseases Network
CHD 7致病性变体在90%以上的CHARGE综合征婴儿和儿童中被鉴定。大约10%的病例没有已知的遗传原因。我们报告了一名具有CHARGE综合征临床特征和非诊断性基因检测的男性儿童，包括染色体微阵列，CHD 7测序和缺失/重复分析，SEMA 3E测序，以及三重外显子组和全基因组测序。我们使用全面的临床评估，全基因组甲基化分析（GMA），全基因组测序（WGS）数据的再分析和CHD 7 RNA研究来发现导致CHD 7单倍不足的新变体。7岁的西班牙裔男性先证者具有典型的CHARGE综合征表型特征。GMA揭示了CHD 7相关的表观遗传特征。用CHD 7的集中生物信息学分析重新分析WGS数据，检测到CHD 7的内含子4中的新的从头15个碱基对缺失（c.2239-20_2239-6delGTCTTGGGTTTTTGT（NM_017780.3））。使用先证者RNA，我们证实了这种新的缺失通过破坏典型的3'剪接位点并引入提前终止密码子而导致CHD 7单倍不足。综合基因组、表观基因组和转录组分析发现了一种导致CHARGE综合征的新型CHD 7变体。
CHD7 pathogenic variants are identified in more than 90% of infants and children with CHARGE syndrome. Approximately 10% of cases have no known genetic cause identified. We report a male child with clinical features of CHARGE syndrome and non-diagnostic genetic testing that included chromosomal microarray, CHD7 sequencing and deletion/duplication analysis, SEMA3E sequencing, and trio Exome and Whole Genome Sequencing. We used a comprehensive clinical assessment, genome-wide methylation analysis (GMA), reanalysis of Whole Genome Sequencing (WGS) data, and CHD7 RNA studies to discover a novel variant that causes CHD7 haploinsufficiency. The 7-year-old Hispanic male proband has typical phenotypic features of CHARGE syndrome. GMA revealed a CHD7-associated epigenetic signature. Reanalysis of the WGS data with focused bioinformatic analysis of CHD7 detected a novel, de novo 15 base pair deletion in intron 4 of CHD7, (c.2239–20_2239–6delGTCTTGGGTTTTTGT (NM_017780.3)). Using proband RNA, we confirmed that this novel deletion causes CHD7 haploinsufficiency by disrupting the canonical 3’ splice site and introducing a premature stop codon. Integrated genomic, epigenomic, and transcriptome analyses discovered a novel CHD7 variant that causes CHARGE syndrome.
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通讯作者：
van Ravenswaaij, CMA
DOI：
10.1016/j.tig.2015.05.009
发表时间：
2015-10
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
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通讯作者：
van Ravenswaaij-Arts C