The InterPro BioMart: federated query and web service access to the InterPro Resource.
The InterPro BioMart: federated query and web service access to the InterPro Resource.
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DOI：
10.1093/database/bar033
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hunter S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jones P;Binns D;McMenamin C;McAnulla C;Hunter S
InterPro BioMart为用户提供查询优化访问，以预测家族分类、蛋白质结构域和功能位点，基于InterPro成员数据库生成的广泛的集成计算模型（“签名”）：Gene3D、HAMAP、PANTHER、Pfam、PIRSF、PRINTS、ProDom、PROSITE、SMART、SUPERFAMILY和TIGRFAM。这些预测是为来自UniProt知识库和UniParc蛋白质序列档案的所有蛋白质序列提供的。InterPro BioMart是InterPro主要网络界面（http：//www.ebi.ac.uk/interpro）的补充，提供网络服务和构建复杂的自定义查询的能力，可以有效地返回各种格式的数千行数据。本文描述了InterPro BioMart提供的信息，并通过如何构建返回有用生物信息的查询的示例说明了其实用性。数据库URL：http://www.ebi.ac.uk/interpro/biomart/martview。
The InterPro BioMart provides users with query-optimized access to predictions of family classification, protein domains and functional sites, based on a broad spectrum of integrated computational models (‘signatures’) that are generated by the InterPro member databases: Gene3D, HAMAP, PANTHER, Pfam, PIRSF, PRINTS, ProDom, PROSITE, SMART, SUPERFAMILY and TIGRFAMs. These predictions are provided for all protein sequences from both the UniProt Knowledge Base and the UniParc protein sequence archive. The InterPro BioMart is supplementary to the primary InterPro web interface (http://www.ebi.ac.uk/interpro), providing a web service and the ability to build complex, custom queries that can efficiently return thousands of rows of data in a variety of formats. This article describes the information available from the InterPro BioMart and illustrates its utility with examples of how to build queries that return useful biological information. Database URL: http://www.ebi.ac.uk/interpro/biomart/martview.
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影响因子：
3
作者：
Cote, Richard G;Jones, Philip;Martens, Lennart;Kerrien, Samuel;Reisinger, Florian;Lin, Quan;Leinonen, Rasko;Apweiler, Rolf;Hermjakob, Henning
通讯作者：
Hermjakob, Henning
影响因子：
14.9
作者：
Wilson D;Pethica R;Zhou Y;Talbot C;Vogel C;Madera M;Chothia C;Gough J
通讯作者：
Gough J
影响因子：
14.9
作者：
Lima T;Auchincloss AH;Coudert E;Keller G;Michoud K;Rivoire C;Bulliard V;de Castro E;Lachaize C;Baratin D;Phan I;Bougueleret L;Bairoch A
通讯作者：
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作者：
Lees J;Yeats C;Redfern O;Clegg A;Orengo C
通讯作者：
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影响因子：
14.9
作者：
Wu, CH;Nikolskaya, A;Barker, WC
通讯作者：
Barker, WC