Phylogenetic inference via sequential Monte Carlo.
Phylogenetic inference via sequential Monte Carlo.
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DOI：
10.1093/sysbio/syr131
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发表时间：
2012-07
影响因子：
6.5
通讯作者：
Jordan MI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bouchard-Côté A;Sankararaman S;Jordan MI
贝叶斯推理提供了一个有吸引力的系统发育分析的一般框架，能够纳入各种各样的建模假设，并提供一个连贯的处理不确定性。现有的计算方法贝叶斯推理的基础上马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC），但是，没有跟上规模的数据分析问题的遗传学，这阻碍了贝叶斯方法的采用。在本文中，我们提出了一种替代MCMC的顺序蒙特卡罗（SMC）的基础上。我们开发了一个扩展的经典SMC的偏序集的基础上，并展示了如何应用这个框架，我们称之为PosetSMC系统发育分析。我们提供了一个理论治疗的PosetSMC，也提出了实验评估的PosetSMC合成和真实的数据。实证结果表明，PosetSMC是一个非常有前途的替代MCMC，提供了两个数量级的更快的收敛。我们讨论了其他因素有利于通过PosetSMC的遗传学，包括它的能力，以估计边际似然性，它的并行和分布式计算平台上的可实施性，以及与MCMC混合MCMC-SMC计划相结合的可能性。PosetSMC的软件可在http://www.stat.ubc.ca/ bouchard/PosetSMC上获得。
Bayesian inference provides an appealing general framework for phylogenetic analysis, able to incorporate a wide variety of modeling assumptions and to provide a coherent treatment of uncertainty. Existing computational approaches to Bayesian inference based on Markov chain Monte Carlo (MCMC) have not, however, kept pace with the scale of the data analysis problems in phylogenetics, and this has hindered the adoption of Bayesian methods. In this paper, we present an alternative to MCMC based on Sequential Monte Carlo (SMC). We develop an extension of classical SMC based on partially ordered sets and show how to apply this framework—which we refer to as PosetSMC—to phylogenetic analysis. We provide a theoretical treatment of PosetSMC and also present experimental evaluation of PosetSMC on both synthetic and real data. The empirical results demonstrate that PosetSMC is a very promising alternative to MCMC, providing up to two orders of magnitude faster convergence. We discuss other factors favorable to the adoption of PosetSMC in phylogenetics, including its ability to estimate marginal likelihoods, its ready implementability on parallel and distributed computing platforms, and the possibility of combining with MCMC in hybrid MCMC–SMC schemes. Software for PosetSMC is available at http://www.stat.ubc.ca/ bouchard/PosetSMC.
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DOI：
10.1049/ip-rsn:19990255
发表时间：
1999-02-01
期刊：
IEE PROCEEDINGS-RADAR SONAR AND NAVIGATION
影响因子：
--
作者：
Carpenter, J;Clifford, P;Fearnhead, P
通讯作者：
Fearnhead, P
影响因子：
9.8
作者：
Drummond AJ;Ho SY;Phillips MJ;Rambaut A
通讯作者：
Rambaut A
影响因子：
5.8
作者：
Keane, TM;Naughton, TJ;McCormack, GP
通讯作者：
McCormack, GP
DOI：
10.1111/j.1467-9868.2006.00553.x
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
5.8
作者：
Del Moral, Pierre;Doucet, Arnaud;Jasra, Ajay
通讯作者：
Jasra, Ajay
影响因子：
1.2
作者：
De Iorio, M;Griffiths, RC
通讯作者：
Griffiths, RC