Precision analysis of mutant U2AF1 activity reveals deployment of stress granules in myeloid malignancies.
Precision analysis of mutant U2AF1 activity reveals deployment of stress granules in myeloid malignancies.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2022.02.025
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发表时间：
2022-03-17
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Halene S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Biancon G;Joshi P;Zimmer JT;Hunck T;Gao Y;Lessard MD;Courchaine E;Barentine AES;Machyna M;Botti V;Qin A;Gbyli R;Patel A;Song Y;Kiefer L;Viero G;Neuenkirchen N;Lin H;Bewersdorf J;Simon MD;Neugebauer KM;Tebaldi T;Halene S
剪接因子突变在癌症中很常见，最近成为骨髓恶性肿瘤的驱动因素。U2 AF 1在其RNA结合基序中携带热点突变;但它们如何影响剪接并促进癌症仍不清楚。U2 AF 1/U2 AF 2异二聚体对于3'剪接位点（3' SS）的定义至关重要。为了特异性地揭示U2 AF 1在体内功能的变化，我们开发了一种交联和免疫沉淀方法，以单核苷酸分辨率检测U2 AF 1和3 'SS AG之间的接触。我们的数据显示，U2 AF 1 S34 F和Q157 R突变体分别在-3和+1个核苷酸处建立了新的3 'SS接触。这些影响损害了U2 AF 2-RNA相互作用，主要导致内含子保留和外显子排除。整合RNA结合，剪接和周转数据，我们预测U2 AF 1突变直接影响应激颗粒组分，并通过单细胞RNA-seq证实。值得注意的是，U2 AF 1突变细胞系和患者来源的MDS/AML原始细胞显示出更高的应激颗粒反应，这表明生物分子凝聚物在适应性致癌策略中具有新的作用。Biancon等人通过RNA结合、剪接和转换的多组学分析揭示了U2 AF 1突变型骨髓恶性肿瘤中的应激颗粒特征。他们在3'剪接位点位置记录了新的MUR特异性U2 AF 1-RNA结合峰，确定了异常剪接结果。U2 AF 1突变体细胞显示增强的应激颗粒形成和应激抗性。
Splicing factor mutations are common among cancers, recently emerging as drivers of myeloid malignancies. U2AF1 carries hotspot mutations in its RNA binding motifs; yet how they affect splicing and promote cancer remains unclear. The U2AF1/U2AF2 heterodimer is critical for 3’ splice site (3’SS) definition. To specifically unmask changes in U2AF1 function in vivo, we developed a crosslinking and immunoprecipitation procedure detecting contacts between U2AF1 and the 3’SS AG at single-nucleotide resolution. Our data reveal that U2AF1 S34F and Q157R mutants establish new 3’SS contacts at −3 and +1 nucleotides, respectively. These effects compromise U2AF2-RNA interactions, resulting predominantly in intron retention and exon exclusion. Integrating RNA binding, splicing and turnover data, we predicted that U2AF1 mutations directly affect stress granule components, corroborated by single-cell RNA-seq. Remarkably, U2AF1-mutant cell lines and patient-derived MDS/AML blasts displayed a heightened stress granule response, pointing to a novel role for biomolecular condensates in adaptive oncogenic strategies. Biancon et al. unmask a stress granule signature in U2AF1 mutant myeloid malignancies, via multi-omics dissection of RNA binding, splicing and turnover. They document novel mutant-specific U2AF1-RNA binding peaks at 3’ splice site positions, determining aberrant splice outcomes. U2AF1 mutant cells display enhanced stress granule formation and stress resistance.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
3.8
作者：
Kim S;Park C;Jun Y;Lee S;Jung Y;Kim J
通讯作者：
Kim J
影响因子：
8.6
作者：
Chatrikhi R;Feeney CF;Pulvino MJ;Alachouzos G;MacRae AJ;Falls Z;Rai S;Brennessel WW;Jenkins JL;Walter MJ;Graubert TA;Samudrala R;Jurica MS;Frontier AJ;Kielkopf CL
通讯作者：
Kielkopf CL
影响因子：
5.3
作者：
Guth, S;Tange, TO;Valcárcel, J
通讯作者：
Valcárcel, J
影响因子：
64.5
作者：
Kielkopf, CL;Rodionova, NA;Burley, SK
通讯作者：
Burley, SK