Frequent sgRNA-barcode recombination in single-cell perturbation assays.
Frequent sgRNA-barcode recombination in single-cell perturbation assays.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0198635
复制
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Hon GC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xie S;Cooley A;Armendariz D;Zhou P;Hon GC
在同一细胞中同时检测基于crispr的扰动和诱导的转录变化是揭示基因组功能的有力方法。已经开发了几种慢病毒方法，其中一些依赖于检测远端定位的遗传条形码作为sgRNA身份的间接代理。由于条形码通常与相应的sgrna相距数千个碱基，因此病毒重组介导的条形码和sgrna交换是可行的。使用基于自循环的sgrna条形码库制备方案，我们估计重组率约为50%，并将这一现象追溯到池病毒包装步骤。重组是随机的，降低了检测的信噪比。我们的结果表明，替代方法可以提高单细胞摄动试验的吞吐量和灵敏度。
Simultaneously detecting CRISPR-based perturbations and induced transcriptional changes in the same cell is a powerful approach to unraveling genome function. Several lentiviral approaches have been developed, some of which rely on the detection of distally located genetic barcodes as an indirect proxy of sgRNA identity. Since barcodes are often several kilobases from their corresponding sgRNAs, viral recombination-mediated swapping of barcodes and sgRNAs is feasible. Using a self-circularization-based sgRNA-barcode library preparation protocol, we estimate the recombination rate to be ~50% and we trace this phenomenon to the pooled viral packaging step. Recombination is random, and decreases the signal-to-noise ratio of the assay. Our results suggest that alternative approaches can increase the throughput and sensitivity of single-cell perturbation assays.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Jaitin, Diego Adhemar;Weiner, Assaf;Amit, Ido
通讯作者：
Amit, Ido
影响因子：
64.8
作者：
Konermann S;Brigham MD;Trevino AE;Joung J;Abudayyeh OO;Barcena C;Hsu PD;Habib N;Gootenberg JS;Nishimasu H;Nureki O;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
5.4
作者：
ZHANG, JY;TEMIN, HM
通讯作者：
TEMIN, HM
影响因子：
4.3
作者：
Schlub TE;Smyth RP;Grimm AJ;Mak J;Davenport MP
通讯作者：
Davenport MP
影响因子：
56.9
作者：
PELISKA, JA;BENKOVIC, SJ
通讯作者：
BENKOVIC, SJ