In Vivo Hydroxyl Radical Protein Footprinting for the Study of Protein Interactions in Caenorhabditis elegans.
In Vivo Hydroxyl Radical Protein Footprinting for the Study of Protein Interactions in Caenorhabditis elegans.
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DOI：
10.3791/60910
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发表时间：
2020-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Jones LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Espino JA;Jones LM
蛋白质快速氧化（FPOP）是一种羟基自由基蛋白质足迹（HRPF）方法，用于研究蛋白质结构，蛋白质-配体相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用。FPOP利用248 nm的KrF准分子激光器光解过氧化氢以产生羟基自由基，羟基自由基进而氧化修饰溶剂可接近的氨基酸侧链。最近，我们扩大了FPOP在秀丽隐杆线虫体内氧化标记中的应用。elegans），标题为IV-FP 0 P。透明线虫已被用作许多人类疾病的模型系统。结构研究C.通过IV-FPOP修饰秀丽隐杆线虫是可行的，因为动物摄取过氧化氢的能力，它们对248 nm激光照射的透明性，以及修饰的不可逆性。本文描述了用于IV-FPOP标记、IV-FPOP参数、蛋白质提取和LC-MS/MS优化参数的微流体流动系统的组装。
Fast oxidation of proteins (FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting (HRPF) method used to study protein structure, protein-ligand interactions, and protein-protein interactions. FPOP utilizes a KrF excimer laser at 248 nm for photolysis of hydrogen peroxide to generate hydroxyl radicals which in turn oxidatively modify solvent-accessible amino acid side chains. Recently, we expanded the use of FPOP of in vivo oxidative labeling in Caenorhabditis elegans (C. elegans), entitled IV-FPOP. The transparent nematodes have been used as model systems for many human diseases. Structural studies in C. elegans by IV-FPOP is feasible because of the animal’s ability to uptake hydrogen peroxide, their transparency to laser irradiation at 248 nm, and the irreversible nature of the modification. The assembly of a microfluidic flow system for IV-FPOP labeling, IV-FPOP parameters, protein extraction, and LC-MS/MS optimized parameters are described herein.
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DOI：
10.1002/anie.201706697
发表时间：
2017-11-06
期刊：
Angewandte Chemie (International ed. in English)
影响因子：
--
作者：
Cheng M;Zhang B;Cui W;Gross ML
通讯作者：
Gross ML
影响因子：
7.4
作者：
Gau, Brian C.;Chen, Hao;Zhang, Yun;Gross, Michael L.
通讯作者：
Gross, Michael L.
影响因子：
7.4
作者：
Espino, Jessica A.;Jones, Lisa M.
通讯作者：
Jones, Lisa M.
影响因子：
3.4
作者：
Huang, Wei;Ravikumar, Krishnakumar M.;Yang, Sichun
通讯作者：
Yang, Sichun
影响因子：
7.4
作者：
Jones, Lisa M.;Sperry, Justin B.;Carroll, James A.;Gross, Michael L.
通讯作者：
Gross, Michael L.