Biomarker identification for statin sensitivity of cancer cell lines.
Biomarker identification for statin sensitivity of cancer cell lines.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2017.11.065
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发表时间：
2018-01-01
影响因子：
3.1
通讯作者：
Oltvai ZN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Raghu VK;Beckwitt CH;Warita K;Wells A;Benos PV;Oltvai ZN
他汀类药物是一种有效的降胆固醇药物，已被证明在体外可以抑制肿瘤细胞的增殖，并在动物模型中抑制肿瘤的生长。此外，回溯性的人类队列研究表明，服用他汀类药物的患者癌症特异性死亡率降低。我们先前暗示膜上E-钙粘素的表达是抵抗阿托伐他汀介导的癌细胞生长抑制的标志和机制；然而，基于转录组特征的他汀类药物敏感性的生物标志物还没有报道。在这里，我们利用14个NCI-60癌细胞系的转录组数据和他们的他汀类药物剂量反应数据来产生识别他汀类药物敏感和耐药细胞系的基因表达特征。我们在一组独立的细胞系中实验验证了识别的生物标记物签名的有效性，并扩展了该签名以生成TCGA数据库中列出的建议的他汀类药物敏感肿瘤子集。最后，我们预测了与他汀类药物协同作用的药物，并发现了几种预测的组合疗法，有待实验证实。这里描述的生物信息学-实验相结合的方法可以用来产生他汀类药物治疗的初始生物标记物敏感性。
Statins are potent cholesterol reducing drugs that have been shown to reduce tumor cell proliferation in vitro and tumor growth in animal models. Moreover, retrospective human cohort studies demonstrated decreased cancer-specific mortality in patients taking statins. We previously implicated membrane E-cadherin expression as both a marker and mechanism for resistance to atorvastatin-mediated growth suppression of cancer cells; however, a transcriptome-profile-based biomarker signature for statin sensitivity has not yet been reported. Here, we utilized transcriptome data from fourteen NCI-60 cancer cell lines and their statin dose-response data to produce gene expression signatures that identify statin sensitive and resistant cell lines. We experimentally confirmed the validity of the identified biomarker signature in an independent set of cell lines and extended this signature to generate a proposed statin-sensitive subset of tumors listed in the TCGA database. Finally, we predicted drugs that would synergize with statins and found several predicted combination therapies to be experimentally confirmed. The combined bioinformatics-experimental approach described here can be used to generate an initial biomarker sensitivity for statin therapy.
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影响因子：
3.7
作者：
Menter DG;Ramsauer VP;Harirforoosh S;Chakraborty K;Yang P;Hsi L;Newman RA;Krishnan K
通讯作者：
Krishnan K
影响因子：
8.8
作者：
Wang A;Aragaki AK;Tang JY;Kurian AW;Manson JE;Chlebowski RT;Simon M;Desai P;Wassertheil-Smoller S;Liu S;Kritchevsky S;Wakelee HA;Stefanick ML
通讯作者：
Stefanick ML
影响因子：
4.4
作者：
Shankavaram UT;Varma S;Kane D;Sunshine M;Chary KK;Reinhold WC;Pommier Y;Weinstein JN
通讯作者：
Weinstein JN
DOI：
10.2183/pjab.86.484
发表时间：
2010
期刊：
Proceedings of the Japan Academy. Series B, Physical and biological sciences
影响因子：
--
作者：
Endo A
通讯作者：
Endo A
影响因子：
4.6
作者：
Warita K;Warita T;Beckwitt CH;Schurdak ME;Vazquez A;Wells A;Oltvai ZN
通讯作者：
Oltvai ZN