Evolutionary genetics of genotype H1 measles viruses in China from 1993 to 2012.
Evolutionary genetics of genotype H1 measles viruses in China from 1993 to 2012.
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DOI：
10.1099/vir.0.066746-0
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发表时间：
2014-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rota PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu S;Zhang Y;Rivailler P;Wang H;Ji Y;Zhen Z;Mao N;Li C;Bellini WJ;Xu W;Rota PA
病毒学监测是麻疹管理的重要组成部分。核实消除麻疹流行病的标准之一是对野生型病毒进行遗传分析，以证明没有本土基因型。我国麻疹尚未完全消除，自1993年开展麻疹病毒学监测以来，H1基因型仍在持续检出。病毒学监测在中国一直非常活跃，为在近20年的时间跨度内对单一地方性基因型的演变进行详细研究提供了独特的机会。对核蛋白（N-450）、融合（F）基因和血凝素（H）基因的C-末端150个氨基酸的450 nt编码序列进行的系统发育分析证实了基因型H1病毒持续传播19年。没有发现H蛋白存在选择压力的证据，其替换率范围从H的0.75×10−3替换位点−1年−1到N-450的1.65×10−3替换位点−1年−1。基因型H1的最近共同祖先（TMRCA）的时间估计为约1985年（95%最高概率密度，1979-1989）。 最后，从2005年到2012年，中国麻疹序列的总体多样性下降，与麻疹病例大幅减少相一致。结果表明，详细的进化分析应有助于最终消除麻疹在中国的文件。此外，本研究中使用的分子方法可以应用于其他接近消除麻疹的国家。
Virologic surveillance is a critical component of measles management. One of the criteria for verification of elimination of endemic measles is genetic analysis of wild-type viruses to demonstrate lack of an indigenous genotype. Measles is yet to be eliminated in China, and genotype H1 has been detected continuously since virologic surveillance was initiated in 1993. Virologic surveillance has been very active in China, providing a unique opportunity to conduct a detailed study of the evolution of a single, endemic genotype over a timespan of nearly two decades. Phylogenetic analysis performed on the 450 nt coding sequence for the C-terminal 150 amino acids of the nucleoprotein (N-450), fusion (F) gene and haemagglutinin (H) gene confirmed the continued circulation of genotype H1 viruses for 19 years. No evidence of selective pressure for the H protein was found. The substitution rates ranged from 0.75×10−3 substitutions site−1 year−1 for H to 1.65×10−3 substitutions site−1 year−1 for N-450. The time of most recent common ancestor (TMRCA) for genotype H1 was estimated as approximately 1985 (95 % highest probability density, 1979–1989). Finally, the overall diversity of measles sequences from China decreased from 2005 to 2012, coincident with a substantial decrease in measles cases. The results suggest that detailed evolutionary analyses should facilitate the documentation of eventual measles elimination in China. Moreover, the molecular approaches used in this study can be applied in other countries approaching measles elimination.
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DOI：
10.1073/pnas.1207965110
发表时间：
2013-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Stadler, Tanja;Kuehnert, Denise;Drummond, Alexei J.
通讯作者：
Drummond, Alexei J.
影响因子：
10.7
作者：
SAITOU, N;NEI, M
通讯作者：
NEI, M
中国吉林省麻疹病毒基因型的分子特征
影响因子：
3.7
作者：
Wei C;Shi J;Liu B;Shi Y;Zheng J;Xu G;Ma J;Wang G;Li F
通讯作者：
Li F
影响因子：
10.7
作者：
Drummond, Alexei J.;Suchard, Marc A.;Rambaut, Andrew
通讯作者：
Rambaut, Andrew
影响因子：
10.7
作者：
Posada, David
通讯作者：
Posada, David