Projector 2: contig mapping for efficient gap-closure of prokaryotic genome sequence assemblies.
Projector 2: contig mapping for efficient gap-closure of prokaryotic genome sequence assemblies.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gki356
复制
发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kok J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Hijum SA;Zomer AL;Kuipers OP;Kok J
随着基因组测序工作呈指数增长，关于测序的各种生物体的基因组内容的有价值的信息积累。投影仪2使用生物体的（未）完成的基因组序列作为模板来推断被测序的相关生物体的基因组序列组装的连锁信息。重叠群之间不存在连锁信息的剩余缺口随后可以用直接PCR策略闭合。与其他实现相比，Projector 2具有几个独特的功能：用户友好的Web界面，自动删除重复元素（重复掩蔽）和自动引物设计用于缺口闭合目的。此外，当使用模板基因组的多个片段时，还可以设计用于多重PCR策略的引物。引物设计考虑到，在许多情况下，重叠群末端含有不可靠的DNA序列和重复序列。从而使得闭合原核基因组序列组装中的剩余缺口非常有效且几乎不费力。我们证明，使用模板基因组的单个或多个片段（即未完成的基因组序列）结合重复掩蔽导致映射成功率接近100%。Web界面可在以下位置免费访问。
With genome sequencing efforts increasing exponentially, valuable information accumulates on genomic content of the various organisms sequenced. Projector 2 uses (un)finished genomic sequences of an organism as a template to infer linkage information for a genome sequence assembly of a related organism being sequenced. The remaining gaps between contigs for which no linkage information is present can subsequently be closed with direct PCR strategies. Compared with other implementations, Projector 2 has several distinctive features: a user-friendly web interface, automatic removal of repetitive elements (repeat-masking) and automated primer design for gap-closure purposes. Moreover, when using multiple fragments of a template genome, primers for multiplex PCR strategies can also be designed. Primer design takes into account that, in many cases, contig ends contain unreliable DNA sequences and repetitive sequences. Closing the remaining gaps in prokaryotic genome sequence assemblies is thereby made very efficient and virtually effortless. We demonstrate that the use of single or multiple fragments of a template genome (i.e. unfinished genome sequences) in combination with repeat-masking results in mapping success rates close to 100%. The web interface is freely accessible at .
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
van Hijum, SAFT;de Jong, A;Kuipers, OP
通讯作者：
Kuipers, OP
影响因子：
14.9
作者：
van Hijum, SAFT;Zomer, AL;Kok, J
通讯作者：
Kok, J
影响因子：
14.9
作者：
Herron-Olson, L;Freeman, J;Kapur, V
通讯作者：
Kapur, V
影响因子：
3.2
作者：
McLeod, MP;Qin, X;Weinstock, GM
通讯作者：
Weinstock, GM
影响因子：
64.8
作者：
Cole, ST;Eiglmeier, K;Barrell, BG
通讯作者：
Barrell, BG