ConTra v3: a tool to identify transcription factor binding sites across species, update 2017.
ConTra v3: a tool to identify transcription factor binding sites across species, update 2017.
复制标题
Contra V3：一种识别物种跨物种的转录因子结合位点的工具，更新2017。
DOI：
10.1093/nar/gkx376
复制
发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
De Bleser P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kreft L;Soete A;Hulpiau P;Botzki A;Saeys Y;De Bleser P
转录因子是重要的基因调控因子，在发育、细胞信号和细胞周期中具有独特的作用，并与许多疾病有关。使用Contra v3网络服务器，可以轻松地可视化和探索编码或非编码基因周围的任何基因组区域中的预测转录因子结合位点(TFBs)。在这个更新版本中，通过使用最新的网络技术完全重新实现的用户界面，用户可以从从人类到酵母的九种参考生物中进行选择。Contra v3可以分析启动子区域、5个΄-UTRs、3个΄-UTRs和内含子或任何其他感兴趣的基因组区域。数以千计的位置权重矩阵可供选择，用于检测特定的结合位点。除了这一可视化选项之外，该工具还增加了额外的新的探索功能，它将自动检测同时具有最高调控潜力、预测的TFBs覆盖的基因组区域的最高保守分数以及与表现出调控活性的基因组区域最强共定位的TFBs。Http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3.上免费提供了Contra v3 Web服务器
Transcription factors are important gene regulators with distinctive roles in development, cell signaling and cell cycling, and they have been associated with many diseases. The ConTra v3 web server allows easy visualization and exploration of predicted transcription factor binding sites (TFBSs) in any genomic region surrounding coding or non-coding genes. In this updated version, with a completely re-implemented user interface using latest web technologies, users can choose from nine reference organisms ranging from human to yeast. ConTra v3 can analyze promoter regions, 5΄-UTRs, 3΄-UTRs and introns or any other genomic region of interest. Thousands of position weight matrices are available to choose from for detecting specific binding sites. Besides this visualization option, additional new exploration functionality is added to the tool that will automatically detect TFBSs having at the same time the highest regulatory potential, the highest conservation scores of the genomic regions covered by the predicted TFBSs and strongest co-localizations with genomic regions exhibiting regulatory activity. The ConTra v3 web server is freely available at http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Slattery M;Riley T;Liu P;Abe N;Gomez-Alcala P;Dror I;Zhou T;Rohs R;Honig B;Bussemaker HJ;Mann RS
通讯作者：
Mann RS
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
3
作者：
Heskes T;Eisinga R;Breitling R
通讯作者：
Breitling R
footprinter3：部分可分配的序列中的系统发育足迹。
影响因子：
14.9
作者：
Fang F;Blanchette M
通讯作者：
Blanchette M
影响因子：
14.9
作者：
Griffon A;Barbier Q;Dalino J;van Helden J;Spicuglia S;Ballester B
通讯作者：
Ballester B