FootPrinter3: phylogenetic footprinting in partially alignable sequences.
FootPrinter3: phylogenetic footprinting in partially alignable sequences.
复制标题
footprinter3：部分可分配的序列中的系统发育足迹。
DOI：
10.1093/nar/gkl123
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Blanchette M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fang F;Blanchette M
FootPrinter3是一个利用系统发育足迹法预测转录因子结合位点的网络服务器。到目前为止，系统发育足迹方法已经基于多重比对分析（例如PhyloVista，PhastCons）或基序发现算法（例如FootPrinter2）。FootPrinter3整合了这两种方法，在可用且可靠的情况下利用局部多序列比对块，但也允许在不可识别区域中找到基序。其结果是一组预测，结合了基于模板的方法（良好的特异性）的优点，以那些基于基序的方法（良好的灵敏度，即使在存在高度分歧的物种）。因此，FootPrinter3是利用正在测序的脊椎动物基因组财富的首选工具，因为它允许充分利用高度分化物种（例如鸡，斑马鱼）以及更密切相关物种（例如哺乳动物）的序列。FootPrinter3 Web服务器位于：。
FootPrinter3 is a web server for predicting transcription factor binding sites by using phylogenetic footprinting. Until now, phylogenetic footprinting approaches have been based either on multiple alignment analysis (e.g. PhyloVista, PhastCons), or on motif-discovery algorithms (e.g. FootPrinter2). FootPrinter3 integrates these two approaches, making use of local multiple sequence alignment blocks when those are available and reliable, but also allowing finding motifs in unalignable regions. The result is a set of predictions that joins the advantages of alignment-based methods (good specificity) to those of motif-based methods (good sensitivity, even in the presence of highly diverged species). FootPrinter3 is thus a tool of choice to exploit the wealth of vertebrate genomes being sequenced, as it allows taking full advantage of the sequences of highly diverged species (e.g. chicken, zebrafish), as well as those of more closely related species (e.g. mammals). The FootPrinter3 web server is available at: .
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