Genomics of the Parasitic Nematode Ascaris and Its Relatives.
Genomics of the Parasitic Nematode Ascaris and Its Relatives.
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DOI：
10.3390/genes12040493
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发表时间：
2021-03-28
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Wang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J
蛔虫属线虫是人类和猪的重要寄生虫，其系统发育相关属（蛔虫属、弓形虫属和贝氏蛔虫属）感染具有兽医意义的哺乳动物。在过去的十年中，已经建立了大量的蛔虫基因组资源，包括完整的种系和体细胞基因组，全面的mRNA和小RNA转录组，以及全基因组组蛋白和染色质数据。这些数据集为研究这些寄生虫的基础生物学和宿主-寄生虫关系提供了重要资源。蛔虫及其近亲经历程序性DNA消除，这是一个高度调控的过程，在胚胎细胞中，染色体碎片化，部分基因组丢失，注定要采用体细胞的命运，而在生殖细胞中，基因组保持完整。与许多模式生物不同，蛔虫的转录在原核融合之前就开始驱动早期发育。对蛔虫的研究表明，即使在缺乏piRNA通路的情况下，蛔虫也存在复杂的小RNA网络。这些蛔虫的比较基因组学研究为线虫性染色体进化、程序化DNA消除和宿主-寄生虫共同进化提供了新的视角。基因组资源可以比较不同物种的蛋白质，揭示许多新的潜在药物靶点，可用于控制这些寄生线虫。
Nematodes of the genus Ascaris are important parasites of humans and swine, and the phylogenetically related genera (Parascaris, Toxocara, and Baylisascaris) infect mammals of veterinary interest. Over the last decade, considerable genomic resources have been established for Ascaris, including complete germline and somatic genomes, comprehensive mRNA and small RNA transcriptomes, as well as genome-wide histone and chromatin data. These datasets provide a major resource for studies on the basic biology of these parasites and the host–parasite relationship. Ascaris and its relatives undergo programmed DNA elimination, a highly regulated process where chromosomes are fragmented and portions of the genome are lost in embryonic cells destined to adopt a somatic fate, whereas the genome remains intact in germ cells. Unlike many model organisms, Ascaris transcription drives early development beginning prior to pronuclear fusion. Studies on Ascaris demonstrated a complex small RNA network even in the absence of a piRNA pathway. Comparative genomics of these ascarids has provided perspectives on nematode sex chromosome evolution, programmed DNA elimination, and host–parasite coevolution. The genomic resources enable comparison of proteins across diverse species, revealing many new potential drug targets that could be used to control these parasitic nematodes.
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DOI：
10.1895/wormbook.1.5.2
发表时间：
2012-11-20
期刊：
WormBook : the online review of C. elegans biology
影响因子：
--
作者：
Blumenthal, Thomas
通讯作者：
Blumenthal, Thomas
影响因子：
9.6
作者：
Anderson TJC;LoVerde PT;Le Clec'h W;Chevalier FD
通讯作者：
Chevalier FD
影响因子：
2.7
作者：
BARRETT, J;BEIS, I
通讯作者：
BEIS, I
影响因子：
11.4
作者：
AEBY, P;SPICHER, A;TOBLER, H
通讯作者：
TOBLER, H
影响因子：
1.5
作者：
Bachmann-Waldmann, C;Jentsch, S;Müller, F
通讯作者：
Müller, F