Characterization of the nuclear export adaptor protein Nmd3 in association with the 60S ribosomal subunit.
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DOI：
10.1083/jcb.201001124
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发表时间：
2010-06-28
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Frank J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sengupta J;Bussiere C;Pallesen J;West M;Johnson AW;Frank J
通过cryo-EM的3D重建提供了与60 S核糖体亚基复合的核糖体生物发生因子（Nmd 3）的第一个结构描述。核质穿梭蛋白Nmd 3是一个适配器输出的60 S核糖体亚基从核。Nmd 3与细胞核中新生的60 S亚基结合，并募集输出受体Crm 1以促进通过核孔复合物。在这项研究中，我们提出了一个冷冻电子显微镜（cryo-EM）重建60 S亚基与Nmd 3从酿酒酵母复合物。对应于Nmd 3的密度在cryo-EM图中是直接可见的，并且附着于25 S核糖体RNA（rRNA）的螺旋38、69和95周围的区域，螺旋95区域邻近蛋白Rpl 10。我们确定了大亚基的intersubunit侧作为Nmd 3的结合位点。rRNA保护实验证实了结构数据。此外，Nmd 3与60 S亚基的结合在80 S核糖体中被阻断，这与亚基连接面上的指定结合位点一致。这个cryo-EM图是对Nmd 3的功能作用和释放机制的分子理解的第一步。
3D reconstruction by cryo-EM provides the first structural description of a ribosomal biogenesis factor (Nmd3) in complex with the 60S ribosomal subunit. The nucleocytoplasmic shuttling protein Nmd3 is an adaptor for export of the 60S ribosomal subunit from the nucleus. Nmd3 binds to nascent 60S subunits in the nucleus and recruits the export receptor Crm1 to facilitate passage through the nuclear pore complex. In this study, we present a cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstruction of the 60S subunit in complex with Nmd3 from Saccharomyces cerevisiae. The density corresponding to Nmd3 is directly visible in the cryo-EM map and is attached to the regions around helices 38, 69, and 95 of the 25S ribosomal RNA (rRNA), the helix 95 region being adjacent to the protein Rpl10. We identify the intersubunit side of the large subunit as the binding site for Nmd3. rRNA protection experiments corroborate the structural data. Furthermore, Nmd3 binding to 60S subunits is blocked in 80S ribosomes, which is consistent with the assigned binding site on the subunit joining face. This cryo-EM map is a first step toward a molecular understanding of the functional role and release mechanism of Nmd3.
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