Rapid differentiation between livestock-associated and livestock-independent Staphylococcus aureus CC398 clades.
Rapid differentiation between livestock-associated and livestock-independent Staphylococcus aureus CC398 clades.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0079645
复制
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Price LB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stegger M;Liu CM;Larsen J;Soldanova K;Aziz M;Contente-Cuomo T;Petersen A;Vandendriessche S;Jiménez JN;Mammina C;van Belkum A;Salmenlinna S;Laurent F;Skov RL;Larsen AR;Andersen PS;Price LB
基于单核苷酸多态性 (SNP)，金黄色葡萄球菌克隆复合体 398 (CC398) 分离物聚类为两个不同的系统发育分支，揭示了基础人类分支和更衍生的牲畜分支。由于移动遗传元件的丢失和获得，scn 和 tet(M) 基因分别与人类和牲畜进化枝密切相关。我们提出了区分两个主要宿主相关金黄色葡萄球菌 CC398 进化枝的规范单核苷酸多态性 (canSNP) 测定，以及用于检测 scn 和 tet(M) 的双工 PCR 测定。 canSNP 检测正确地将参考收集中的 88 个金黄色葡萄球菌 CC398 分离株放入人类和牲畜进化枝中，双重 PCR 检测正确识别了 scn 和 tet(M)。该检测成功应用于来自不同地理位置的 272 株人类金黄色葡萄球菌 CC398 分离株。这里描述的简单测定产生的信号与主要进化枝分配的全基因组系统发育相当，并且很容易整合到金黄色葡萄球菌 CC398 监测计划和流行病学研究中。
Staphylococcus aureus clonal complex 398 (CC398) isolates cluster into two distinct phylogenetic clades based on single-nucleotide polymorphisms (SNPs) revealing a basal human clade and a more derived livestock clade. The scn and tet(M) genes are strongly associated with the human and the livestock clade, respectively, due to loss and acquisition of mobile genetic elements. We present canonical single-nucleotide polymorphism (canSNP) assays that differentiate the two major host-associated S. aureus CC398 clades and a duplex PCR assay for detection of scn and tet(M). The canSNP assays correctly placed 88 S. aureus CC398 isolates from a reference collection into the human and livestock clades and the duplex PCR assay correctly identified scn and tet(M). The assays were successfully applied to a geographically diverse collection of 272 human S. aureus CC398 isolates. The simple assays described here generate signals comparable to a whole-genome phylogeny for major clade assignment and are easily integrated into S. aureus CC398 surveillance programs and epidemiological studies.
登录
查看更多内容
影响因子：
6.4
作者：
Price LB;Stegger M;Hasman H;Aziz M;Larsen J;Andersen PS;Pearson T;Waters AE;Foster JT;Schupp J;Gillece J;Driebe E;Liu CM;Springer B;Zdovc I;Battisti A;Franco A;Zmudzki J;Schwarz S;Butaye P;Jouy E;Pomba C;Porrero MC;Ruimy R;Smith TC;Robinson DA;Weese JS;Arriola CS;Yu F;Laurent F;Keim P;Skov R;Aarestrup FM
通讯作者：
Aarestrup FM
来自加勒比海门诊病人的金黄色葡萄球菌的分子表征揭示了大流行克隆的存在。
DOI：
10.1007/s10096-011-1339-2
发表时间：
2012-04
影响因子：
4.5
作者：
Uhlemann, A-C;Dumortier, C.;Hafer, C.;Taylor, B. S.;Sanchez E, J.;Rodriguez-Taveras, C.;Leon, P.;Rojas, R.;Olive, C.;Lowy, F. D.
通讯作者：
Lowy, F. D.
影响因子：
11.8
作者：
van Cleef BA;Monnet DL;Voss A;Krziwanek K;Allerberger F;Struelens M;Zemlickova H;Skov RL;Vuopio-Varkila J;Cuny C;Friedrich AW;Spiliopoulou I;Pászti J;Hardardottir H;Rossney A;Pan A;Pantosti A;Borg M;Grundmann H;Mueller-Premru M;Olsson-Liljequist B;Widmer A;Harbarth S;Schweiger A;Unal S;Kluytmans JA
通讯作者：
Kluytmans JA
影响因子：
6.4
作者：
Spoor LE;McAdam PR;Weinert LA;Rambaut A;Hasman H;Aarestrup FM;Kearns AM;Larsen AR;Skov RL;Fitzgerald JR
通讯作者：
Fitzgerald JR
影响因子：
11.8
作者：
van Belkum, Alex;Melles, Damian C.;Verbrugh, Henri A.
通讯作者：
Verbrugh, Henri A.