Experimental methods modestly impact interpretation of the effect of environmental exposures on the larval zebrafish gut microbiome.
Experimental methods modestly impact interpretation of the effect of environmental exposures on the larval zebrafish gut microbiome.
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DOI：
10.1038/s41598-022-18532-x
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发表时间：
2022-08-25
影响因子：
4.6
通讯作者：
Sharpton, Thomas J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stagaman, Keaton;Kasschau, Kristin D.;Tanguay, Robyn L.;Sharpton, Thomas J.
微生物组科学等快速发展的领域往往缺乏跨研究小组的标准化程序。斑马鱼（Danio rerio）模型系统中的微生物组研究尤其如此，该模型系统正在迅速成为理解微生物-微生物组-生理学轴的主力系统。为了指导未来使用该模型系统的研究，我们定义了各种实验决策如何影响外源性暴露对斑马鱼肠道微生物组影响的研究结果。使用模型毒物苯并[a]芘（BaP），我们评估了两种解剖方法中的每一种（肠道解剖与整条鱼），三个DNA提取试剂盒（Qiagen Blood & Tissue，Macherey-Nagel NucleoSpin和Qiagen PowerSoil），并包括PCR重复（单一与合并的三份反应）影响了我们对暴露如何影响肠道微生物组多样性和组成的解释，以及我们识别微生物生物标志物的能力。我们发现，包括PCR重复对我们的最终解释的影响最小，解剖方法和DNA提取试剂盒的影响在特定的情况下，主要是在确定微生物生物标志物的情况下有显着的影响。
Rapidly growing fields, such as microbiome science, often lack standardization of procedures across research groups. This is especially the case for microbiome investigations in the zebrafish (Danio rerio) model system, which is quickly becoming a workhorse system for understanding the exposure-microbiome-physiology axis. To guide future investigations using this model system, we defined how various experimental decisions affect the outcomes of studies on the effects of exogenous exposure on the zebrafish gut microbiome. Using a model toxicant, benzo[a]pyrene (BaP), we assessed how each of two dissection methods (gut dissection vs. whole fish), three DNA extraction kits (Qiagen Blood & Tissue, Macherey–Nagel NucleoSpin, and Qiagen PowerSoil), and inclusion of PCR replicates (single vs. pooled triplicate reactions) affected our interpretation of how exposure influences the diversity and composition of the gut microbiome, as well as our ability to identify microbiome biomarkers of exposure. We found that inclusion of PCR replicates had the smallest effect on our final interpretations, and the effects of dissection method and DNA extraction kit had significant effects in specific contexts, primarily in the cases of identifying microbial biomarkers.
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使用通用的unifrac距离将微生物组组成与环境协变量相关联。
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts342
发表时间：
2012-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chen J;Bittinger K;Charlson ES;Hoffmann C;Lewis J;Wu GD;Collman RG;Bushman FD;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
48
作者：
Callahan BJ;McMurdie PJ;Rosen MJ;Han AW;Johnson AJ;Holmes SP
通讯作者：
Holmes SP
影响因子：
6.4
作者：
Chen, Zigui;Hui, Pak Chun;Chan, Paul K. S.
通讯作者：
Chan, Paul K. S.
影响因子：
5.8
作者：
Kembel, Steven W.;Cowan, Peter D.;Webb, Campbell O.
通讯作者：
Webb, Campbell O.
影响因子：
5.9
作者：
FAITH, DP
通讯作者：
FAITH, DP