Efficient preparation of internally modified single-molecule constructs using nicking enzymes.
Efficient preparation of internally modified single-molecule constructs using nicking enzymes.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1004
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发表时间：
2011-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Seidel R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luzzietti N;Brutzer H;Klaue D;Schwarz FW;Staroske W;Clausing S;Seidel R
单分子技术的建立对参与DNA代谢的酶的研究大有裨益。这些实验经常需要精心制作的DNA底物，这种底物带有化学标记或核酸三级结构。制备这样的结构往往是一项技术挑战：长修饰的DNA分子通常是通过多个步骤产生的，包括几个片段的低效率分子间连接。在这里，我们展示了如何使用刻痕酶来修饰DNA的长度(>；50 bp)，以产生复杂的DNA结构。多种不同的化学和结构修饰可以以特定和精确的方式沿着DNA放置在内部。此外，产生的刻痕可以有效地重新密封，产生完整的分子，其机械性能得到保留。此外，同样的策略也被应用于获得随后用于有效连接ss-to dsDNA分子的长单链突出物。这项技术为广泛的应用提供了希望，特别是单分子实验，其中经常需要多次内部DNA修饰。
Investigations of enzymes involved in DNA metabolism have strongly benefited from the establishment of single molecule techniques. These experiments frequently require elaborate DNA substrates, which carry chemical labels or nucleic acid tertiary structures. Preparing such constructs often represents a technical challenge: long modified DNA molecules are usually produced via multi-step processes, involving low efficiency intermolecular ligations of several fragments. Here, we show how long stretches of DNA (>50 bp) can be modified using nicking enzymes to produce complex DNA constructs. Multiple different chemical and structural modifications can be placed internally along DNA, in a specific and precise manner. Furthermore, the nicks created can be resealed efficiently yielding intact molecules, whose mechanical properties are preserved. Additionally, the same strategy is applied to obtain long single-strand overhangs subsequently used for efficient ligation of ss- to dsDNA molecules. This technique offers promise for a wide range of applications, in particular single-molecule experiments, where frequently multiple internal DNA modifications are required.
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影响因子：
14.9
作者：
Lushnikov AY;Potaman VN;Lyubchenko YL
通讯作者：
Lyubchenko YL
影响因子：
64.8
作者：
Gore, J;Bryant, Z;Bustamante, C
通讯作者：
Bustamante, C
影响因子：
11.4
作者：
Firman, K;Szczelkun, MD
通讯作者：
Szczelkun, MD
DOI：
10.1007/978-1-59745-483-4_3
发表时间：
2009-01-01
期刊：
MICRO AND NANO TECHNOLOGIES IN BIOANALYSIS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Jo, Kyubong;Schramm, Timothy M.;Schwartz, David C.
通讯作者：
Schwartz, David C.
DOI：
10.1007/s004380050930
发表时间：
1999-01-01
期刊：
MOLECULAR AND GENERAL GENETICS
影响因子：
--
作者：
Gál, J;Schnell, R;Kálmán, M
通讯作者：
Kálmán, M