RNA-Seq Analysis of IL-1B and IL-36 Responses in Epidermal Keratinocytes Identifies a Shared MyD88-Dependent Gene Signature.
RNA-Seq Analysis of IL-1B and IL-36 Responses in Epidermal Keratinocytes Identifies a Shared MyD88-Dependent Gene Signature.
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DOI：
10.3389/fimmu.2018.00080
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发表时间：
2018
影响因子：
7.3
通讯作者：
Gudjonsson JE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Swindell WR;Beamer MA;Sarkar MK;Loftus S;Fullmer J;Xing X;Ward NL;Tsoi LC;Kahlenberg MJ;Liang Y;Gudjonsson JE
IL-36细胞因子最近已成为包括寻常型银屑病（PsV）和泛发性脓疱型银屑病（GPP）在内的自身免疫性疾病中的炎症介质。本研究使用RNA-seq来分析用IL-1B、IL-36 A、IL-36 B或IL-36 G处理的原代表皮角质形成细胞（KC）的转录组。我们鉴定了一些早期IL-1B特异性应答（治疗后8小时），但几乎所有晚期IL-1B应答均被IL-36细胞因子复制（治疗后24小时）。I型和II型干扰素基因表现出时间依赖性的反应模式，早期诱导（8小时），随后无反应或抑制（24小时）。总之，我们确定了225个差异表达基因（DEG），在两个时间点（8和24小时）对所有4种细胞因子具有共同的反应。这些涉及配体（IL 1A、IL 1B和IL 36 G）和活化蛋白酶（CTSS）的上调，但也涉及抑制剂如IL 1 RN和IL 36 RN的上调。共享的IL-1B/IL-36 DEG与PsV和GPP皮肤病变中改变的基因以及与自身免疫性和自身炎性疾病相关的GWAS基因座附近的基因（例如，PsV、银屑病关节炎、炎症性肠病和原发性胆汁性胆管炎）。使用CRISPR/Cas9灭活MyD 88衔接子蛋白完全消除了此类DEG对IL-1B和IL-36 G刺激的表达应答。这些结果提供了一个全球性的看法，IL-1B和IL-36的表达反应，表皮KCs的时间依赖性和姜黄素特异性反应模式的精细尺度表征。我们的研究结果支持IL-1B和IL-36在自身免疫或自身炎性疾病中的重要作用，并表明MyD 88衔接蛋白介导共享的IL-1B/IL-36应答。
IL-36 cytokines have recently emerged as mediators of inflammation in autoimmune conditions including psoriasis vulgaris (PsV) and generalized pustular psoriasis (GPP). This study used RNA-seq to profile the transcriptome of primary epidermal keratinocytes (KCs) treated with IL-1B, IL-36A, IL-36B, or IL-36G. We identified some early IL-1B-specific responses (8 h posttreatment), but nearly all late IL-1B responses were replicated by IL-36 cytokines (24 h posttreatment). Type I and II interferon genes exhibited time-dependent response patterns, with early induction (8 h) followed by no response or repression (24 h). Altogether, we identified 225 differentially expressed genes (DEGs) with shared responses to all 4 cytokines at both time points (8 and 24 h). These involved upregulation of ligands (IL1A, IL1B, and IL36G) and activating proteases (CTSS) but also upregulation of inhibitors such as IL1RN and IL36RN. Shared IL-1B/IL-36 DEGs overlapped significantly with genes altered in PsV and GPP skin lesions, as well as genes near GWAS loci linked to autoimmune and autoinflammatory diseases (e.g., PsV, psoriatic arthritis, inflammatory bowel disease, and primary biliary cholangitis). Inactivation of MyD88 adapter protein using CRISPR/Cas9 completely abolished expression responses of such DEGs to IL-1B and IL-36G stimulation. These results provide a global view of IL-1B and IL-36 expression responses in epidermal KCs with fine-scale characterization of time-dependent and cytokine-specific response patterns. Our findings support an important role for IL-1B and IL-36 in autoimmune or autoinflammatory conditions and show that MyD88 adaptor protein mediates shared IL-1B/IL-36 responses.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
Interleukin-1家族：回到未来。
影响因子：
32.4
作者：
Garlanda C;Dinarello CA;Mantovani A
通讯作者：
Mantovani A
DOI：
10.4049/jimmunol.1003162
发表时间：
2011-02-15
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Johnston A;Xing X;Guzman AM;Riblett M;Loyd CM;Ward NL;Wohn C;Prens EP;Wang F;Maier LE;Kang S;Voorhees JJ;Elder JT;Gudjonsson JE
通讯作者：
Gudjonsson JE
影响因子：
3.7
作者：
CHERNOFF, H
通讯作者：
CHERNOFF, H
影响因子：
6.4
作者：
Ahsan, Fadhil;Moura-Alves, Pedro;Maertzdorf, Jeroen
通讯作者：
Maertzdorf, Jeroen