miRTarBase update 2018: a resource for experimentally validated microRNA-target interactions.
miRTarBase update 2018: a resource for experimentally validated microRNA-target interactions.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1067
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Huang HD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chou CH;Shrestha S;Yang CD;Chang NW;Lin YL;Liao KW;Huang WC;Sun TH;Tu SJ;Lee WH;Chiew MY;Tai CS;Wei TY;Tsai TR;Huang HT;Wang CY;Wu HY;Ho SY;Chen PR;Chuang CH;Hsieh PJ;Wu YS;Chen WL;Li MJ;Wu YC;Huang XY;Ng FL;Buddhakosai W;Huang PC;Lan KC;Huang CY;Weng SL;Cheng YN;Liang C;Hsu WL;Huang HD
MicroRNA (miRNA) 是约 22 个核苷酸的小型非编码 RNA，参与转录后水平 mRNA 的负调控。此前，我们开发了 miRTarBase，它提供了有关经过实验验证的 miRNA-靶标相互作用 (MTI) 的信息。在这里，我们描述了一个更新的数据库，其中包含从 8500 多篇文章中收集的 4076 个 miRNA 和 23054 个目标基因的 422517 个精选 MTI。自 2016 年上次更新以来，通过强有力的证据策划的 MTI 数量增加了约 1.4 倍。在此更新版本中，可以下载文献中提供的通过报告分析验证的目标位点。目标位点序列可以通过机器学习方法提取新特征进行分析，这有助于评估 miRNA 目标预测工具的性能。此外，不同的浏览方式增强了用户浏览特定 MTI 的能力。通过这些改进，miRTarBase 在 miRNA 相关研究领域成为注释更全面、经过实验验证的 miRNA-靶标相互作用数据库。 miRTarBase 可在 http://miRTarBase.mbc.nctu.edu.tw/ 获取。
MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs of ∼ 22 nucleotides that are involved in negative regulation of mRNA at the post-transcriptional level. Previously, we developed miRTarBase which provides information about experimentally validated miRNA-target interactions (MTIs). Here, we describe an updated database containing 422 517 curated MTIs from 4076 miRNAs and 23 054 target genes collected from over 8500 articles. The number of MTIs curated by strong evidence has increased ∼1.4-fold since the last update in 2016. In this updated version, target sites validated by reporter assay that are available in the literature can be downloaded. The target site sequence can extract new features for analysis via a machine learning approach which can help to evaluate the performance of miRNA-target prediction tools. Furthermore, different ways of browsing enhance user browsing specific MTIs. With these improvements, miRTarBase serves as more comprehensively annotated, experimentally validated miRNA-target interactions databases in the field of miRNA related research. miRTarBase is available at http://miRTarBase.mbc.nctu.edu.tw/.
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影响因子：
4.4
作者：
Chou CH;Lin FM;Chou MT;Hsu SD;Chang TH;Weng SL;Shrestha S;Hsiao CC;Hung JH;Huang HD
通讯作者：
Huang HD
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
64.5
作者：
Helwak A;Kudla G;Dudnakova T;Tollervey D
通讯作者：
Tollervey D
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作者：
Hsu SD;Tseng YT;Shrestha S;Lin YL;Khaleel A;Chou CH;Chu CF;Huang HY;Lin CM;Ho SY;Jian TY;Lin FM;Chang TH;Weng SL;Liao KW;Liao IE;Liu CC;Huang HD
通讯作者：
Huang HD
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3.8
作者：
Lee YJ;Kim V;Muth DC;Witwer KW
通讯作者：
Witwer KW