Time-related patient data retrieval for the case studies from the pharmacogenomics research network.
Time-related patient data retrieval for the case studies from the pharmacogenomics research network.
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DOI：
10.1007/s10916-012-9888-1
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发表时间：
2012-11
影响因子：
5.3
通讯作者：
Chute, Christopher G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu, Qian;Tao, Cui;Ding, Ying;Chute, Christopher G.
药物基因组学研究网络（PGRN）研究中有大量基于问题的数据元素。许多数据元素包含时态信息。由于以下原因，语义地表示这些元素以便它们可以被机器处理是一个具有挑战性的问题：（1）这些研究的设计者通常不具有任何计算机建模和查询语言的知识，使得原始数据元素通常以人类语言的电子表格表示;以及（2）这些数据元素中的时间方面可能太复杂而不能以机器可理解的方式忠实地表示。在本文中，我们介绍了我们的努力表示这些数据元素使用语义Web技术。我们已经开发了一个本体，CNTRO，用于表示临床事件及其在网络本体语言（OWL）的时间关系。这里我们使用CNTRO来表示数据元素中的时间方面。我们已经评估了720个时间相关的数据元素从PGRN研究。我们调整并扩展了EliXR-TIME的知识表示要求，以分类我们的数据元素。一个基于CNTRO的SPARQL查询生成器已经开发出定制用户自己的SPARQL查询的每一个知识表示的要求。SPARQL查询构建器已经过模拟EHR三元组存储的评估，以确保其功能。
There are lots of question-based data elements from the pharmacogenomics research network (PGRN) studies. Many data elements contain temporal information. To semantically represent these elements so that they can be machine processiable is a challenging problem for the following reasons: (1) the designers of these studies usually do not have the knowledge of any computer modeling and query languages, so that the original data elements usually are represented in spreadsheets in human languages; and (2) the time aspects in these data elements can be too complex to be represented faithfully in a machine-understandable way. In this paper, we introduce our efforts on representing these data elements using semantic web technologies. We have developed an ontology, CNTRO, for representing clinical events and their temporal relations in the web ontology language (OWL). Here we use CNTRO to represent the time aspects in the data elements. We have evaluated 720 time-related data elements from PGRN studies. We adapted and extended the knowledge representation requirements for EliXR-TIME to categorize our data elements. A CNTRO-based SPARQL query builder has been developed to customize users’ own SPARQL queries for each knowledge representation requirement. The SPARQL query builder has been evaluated with a simulated EHR triple store to ensure its functionalities.
影响因子：
22.7
作者：
ALLEN, JF
通讯作者：
ALLEN, JF
影响因子：
7.9
作者：
Wang, Liewei
通讯作者：
Wang, Liewei
影响因子：
3
作者：
Zhu, Qian;Sun, Yuyin;Wild, David J.
通讯作者：
Wild, David J.