NF-κB dynamics determine the stimulus specificity of epigenomic reprogramming in macrophages.
NF-κB dynamics determine the stimulus specificity of epigenomic reprogramming in macrophages.
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DOI：
10.1126/science.abc0269
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发表时间：
2021-06-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hoffmann A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cheng QJ;Ohta S;Sheu KM;Spreafico R;Adelaja A;Taylor B;Hoffmann A
巨噬细胞的表观基因组可以通过细胞外信号重编程，但不同刺激实现这一点的程度尚不清楚。NF κ B是一种转录因子，可被所有病原体相关刺激激活，并可通过激活潜在增强子重编程表观基因组。然而，我们发现NF κ B只对一部分刺激有反应。这种刺激特异性依赖于NF κ B活性的时间动力学，特别是它是振荡的还是非振荡的。非振荡型NF κ B通过持续破坏核小体组蛋白-DNA相互作用打开染色质，从而激活调节免疫应答基因表达的潜在增强子。因此，时间动态可以确定转录因子以刺激特异性方式重编程表观基因组的能力。核小体DNA相互作用解码NF κ B动力学以调节免疫应答基因的潜在增强子的激活。
The epigenome of macrophages can be reprogrammed by extracellular cues, but the extent to which different stimuli achieve this is unclear. NFκB is a transcription factor that is activated by all pathogen-associated stimuli and can reprogram the epigenome by activating latent enhancers. However, we show that NFκB does so only in response to a subset of stimuli. This stimulus-specificity depends on the temporal dynamics of NFκB activity, in particular whether it is oscillatory or non-oscillatory. Non-oscillatory NFκB opens chromatin by sustained disruption of nucleosomal histone-DNA interactions, enabling activation of latent enhancers that modulate expression of immune response genes. Thus, temporal dynamics can determine a transcription factor’s capacity to reprogram the epigenome in a stimulus-specific manner. Nucleosomal DNA interactions decode NFκB dynamics to regulate activation of latent enhancers of immune response genes.
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影响因子：
9.3
作者：
Cheng CS;Behar MS;Suryawanshi GW;Feldman KE;Spreafico R;Hoffmann A
通讯作者：
Hoffmann A
影响因子：
4
作者：
Behar, Marcelo;Hoffmann, Alexander
通讯作者：
Hoffmann, Alexander
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
32.4
作者：
Adelaja A;Taylor B;Sheu KM;Liu Y;Luecke S;Hoffmann A
通讯作者：
Hoffmann A
DOI：
10.1038/nrm3949
发表时间：
2015-03
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Heinz S;Romanoski CE;Benner C;Glass CK
通讯作者：
Glass CK