The Genomic HyperBrowser: an analysis web server for genome-scale data.
The Genomic HyperBrowser: an analysis web server for genome-scale data.
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DOI：
10.1093/nar/gkt342
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hovig E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sandve GK;Gundersen S;Johansen M;Glad IK;Gunathasan K;Holden L;Holden M;Liestøl K;Nygård S;Nygaard V;Paulsen J;Rydbeck H;Trengereid K;Clancy T;Drabløs F;Ferkingstad E;Kalas M;Lien T;Rye MB;Frigessi A;Hovig E
基因组规模数据集的可用性大幅增加，例如ENCODE和Roadmap表观基因组学项目提供的数据集，为个体研究人员提出新的可证伪生物学问题提供了前所未有的机会。然而，有了这个机会，研究人员面临着如何最好地分析和解释他们的基因组规模数据集的挑战。表示基因组规模数据的一种有效方法是相对于参考基因组组装的特征特异性坐标，即基因组轨迹。Genomic HyperBrowser（hyperbrowser.uio.no）是一个用于分析基因组追踪数据的开放式网络服务器。通过提供几个高度可定制的组件来处理和统计分析基因组轨迹，HyperBrowser为一系列基因组研究打开了大门，例如，基因调控、疾病关联或基因组的表观遗传修饰。
The immense increase in availability of genomic scale datasets, such as those provided by the ENCODE and Roadmap Epigenomics projects, presents unprecedented opportunities for individual researchers to pose novel falsifiable biological questions. With this opportunity, however, researchers are faced with the challenge of how to best analyze and interpret their genome-scale datasets. A powerful way of representing genome-scale data is as feature-specific coordinates relative to reference genome assemblies, i.e. as genomic tracks. The Genomic HyperBrowser (http://hyperbrowser.uio.no) is an open-ended web server for the analysis of genomic track data. Through the provision of several highly customizable components for processing and statistical analysis of genomic tracks, the HyperBrowser opens for a range of genomic investigations, related to, e.g., gene regulation, disease association or epigenetic modifications of the genome.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
5.8
作者：
Anders, Simon
通讯作者：
Anders, Simon
影响因子：
12.3
作者：
Halachev K;Bast H;Albrecht F;Lengauer T;Bock C
通讯作者：
Bock C
影响因子：
5.8
作者：
Sandve, Geir Kjetil;Ferkingstad, Egil;Nygard, Stale
通讯作者：
Nygard, Stale