EpiExplorer: live exploration and global analysis of large epigenomic datasets.
EpiExplorer: live exploration and global analysis of large epigenomic datasets.
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DOI：
10.1186/gb-2012-13-10-r96
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发表时间：
2012-10-03
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Bock C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Halachev K;Bast H;Albrecht F;Lengauer T;Bock C
表观基因组作图联盟为表观遗传调控的研究提供了宝贵的资源。为了最大限度地发挥其效用和影响，需要新的工具来促进表观基因组数据集的交互式分析。在这里，我们描述EpiExplorer，一个在基因组规模上探索基因组和表观基因组数据的网络工具。我们通过描述与人类表观基因组公共参考图相关的DNA羟甲基化的假设生成分析来证明EpiExplorer的实用性。所有EpiExplorer分析在几秒钟内动态执行，使用我们引入生物信息学的高效和通用的文本索引方案。EpiExplorer可从http://epiexplorer.mpi-inf.mpg.de获得。
Epigenome mapping consortia are generating resources of tremendous value for studying epigenetic regulation. To maximize their utility and impact, new tools are needed that facilitate interactive analysis of epigenome datasets. Here we describe EpiExplorer, a web tool for exploring genome and epigenome data on a genomic scale. We demonstrate EpiExplorer's utility by describing a hypothesis-generating analysis of DNA hydroxymethylation in relation to public reference maps of the human epigenome. All EpiExplorer analyses are performed dynamically within seconds, using an efficient and versatile text indexing scheme that we introduce to bioinformatics. EpiExplorer is available at http://epiexplorer.mpi-inf.mpg.de.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
64.5
作者：
Huarte M;Guttman M;Feldser D;Garber M;Koziol MJ;Kenzelmann-Broz D;Khalil AM;Zuk O;Amit I;Rabani M;Attardi LD;Regev A;Lander ES;Jacks T;Rinn JL
通讯作者：
Rinn JL
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
14.9
作者：
Hebenstreit, Daniel;Gu, Muxin;Teichmann, Sarah A.
通讯作者：
Teichmann, Sarah A.