Integration of 1:1 orthology maps and updated datasets into Echinobase.
Integration of 1:1 orthology maps and updated datasets into Echinobase.
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DOI：
10.1093/database/baab030
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发表时间：
2021-05-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hinman V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Foley S;Ku C;Arshinoff B;Lotay V;Karimi K;Vize PD;Hinman V
Echinobase（echinobase.org）是一个中央在线平台，用于生成、管理和托管与棘皮动物研究相关的基因组数据。虽然该资源主要服务于棘皮动物研究界，但最近发布的经常研究的紫色海胆（Strongylocentrotus purpuratus基因组，v5.0）的优质基因组提供了一个机会，以适应其他模型系统中更广泛研究界的需求。为此，建立管道，以确定棘皮动物和其他物种之间的orthopathic基因已成为一个优先事项，在许多情况下，包括命名，链接到其他模式生物的数据，并在内部功能，其中收集的数据在一个宿主物种可以与其他宿主棘皮动物的基因。本文介绍了目前采用的直向管道Echinobase和直向数据如何处理，以产生1：1直向同源物之间的映射各种棘皮动物和其他模式类群。我们还描述了最近被列入资源的感兴趣的功能，包括S.purpuratus更新的发育时间过程，以及基因组浏览的其他轨道。这些数据增强将增加非棘皮动物研究人员对资源的访问，同时扩大核心棘皮动物用户可用的数据质量和数量。 数据库URL：https://echinobase.org
Echinobase (https://echinobase.org) is a central online platform that generates, manages and hosts genomic data relevant to echinoderm research. While the resource primarily serves the echinoderm research community, the recent release of an excellent quality genome for the frequently studied purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus genome, v5.0) has provided an opportunity to adapt to the needs of a broader research community across other model systems. To this end, establishing pipelines to identify orthologous genes between echinoderms and other species has become a priority in many contexts including nomenclature, linking to data in other model organisms, and in internal functionality where data gathered in one hosted species can be associated with genes in other hosted echinoderms. This paper describes the orthology pipelines currently employed by Echinobase and how orthology data are processed to yield 1:1 ortholog mappings between a variety of echinoderms and other model taxa. We also describe functions of interest that have recently been included on the resource, including an updated developmental time course for S.purpuratus, and additional tracks for genome browsing. These data enhancements will increase the accessibility of the resource to non-echinoderm researchers and simultaneously expand the data quality and quantity available to core Echinobase users. Database URL: https://echinobase.org
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影响因子：
4.6
作者：
Chang, Wei-Lun;Chang, Yi-Cheng;Su, Yi-Hsien
通讯作者：
Su, Yi-Hsien
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
TreeFam：动物基因家族系统发育树的精选数据库
影响因子：
14.9
作者：
Li, Heng;Coghlan, Avril;Ruan, Jue;Coin, Lachlan James;Heriche, Jean-Karim;Osmotherly, Lara;Li, Ruiqiang;Liu, Tao;Zhang, Zhang;Bolund, Lars;Wong, Gane Ka-Shu;Zheng, Weimou;Dehal, Paramvir;Wang, Jun;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
DOI：
10.1007/978-1-4939-7737-6_12
发表时间：
2018-01-01
期刊：
EUKARYOTIC GENOMIC DATABASES: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Cary, Gregory A.;Cameron, R. Andrew;Hinman, Veronica F.
通讯作者：
Hinman, Veronica F.