TreeFam: a curated database of phylogenetic trees of animal gene families.
TreeFam: a curated database of phylogenetic trees of animal gene families.
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TreeFam：动物基因家族系统发育树的精选数据库
DOI：
10.1093/nar/gkj118
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Durbin, Richard
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Heng;Coghlan, Avril;Ruan, Jue;Coin, Lachlan James;Heriche, Jean-Karim;Osmotherly, Lara;Li, Ruiqiang;Liu, Tao;Zhang, Zhang;Bolund, Lars;Wong, Gane Ka-Shu;Zheng, Weimou;Dehal, Paramvir;Wang, Jun;Durbin, Richard
TreeFam是一个动物基因家族的系统发育树数据库。它旨在开发一个精心策划的资源，提供所有动物基因家族的准确进化历史，以及可靠的直系同源物和同源物分配。根据种子排列和树木，以类似于Pfam的方式逐步添加精选的家庭。TreeFam的1.1版包含690个家庭的策划树和另外11646个家庭的自动生成树。这些代表了来自9个完全测序的动物基因组的超过128 000个基因和来自UniProt的超过45 000种其他动物蛋白;在完全测序的动物基因组中编码的蛋白质中有40-85%包含在TreeFam中。TreeFam可在和免费获得。
TreeFam is a database of phylogenetic trees of gene families found in animals. It aims to develop a curated resource that presents the accurate evolutionary history of all animal gene families, as well as reliable ortholog and paralog assignments. Curated families are being added progressively, based on seed alignments and trees in a similar fashion to Pfam. Release 1.1 of TreeFam contains curated trees for 690 families and automatically generated trees for another 11 646 families. These represent over 128 000 genes from nine fully sequenced animal genomes and over 45 000 other animal proteins from UniProt; ∼40–85% of proteins encoded in the fully sequenced animal genomes are included in TreeFam. TreeFam is freely available at and .
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
5.4
作者：
Haas BJ;Wortman JR;Ronning CM;Hannick LI;Smith RK Jr;Maiti R;Chan AP;Yu C;Farzad M;Wu D;White O;Town CD
通讯作者：
Town CD
影响因子：
3.9
作者：
Franck, E;Madsen, O;de Jong, WW
通讯作者：
de Jong, WW
影响因子：
14.9
作者：
Bairoch, Amos;Bougueleret, Lydie;Zhang, Jian
通讯作者：
Zhang, Jian
DOI：
10.2307/2412448
发表时间：
1970-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM