Molecular Dynamics Simulation for All.
Molecular Dynamics Simulation for All.
复制标题
DOI：
10.1016/j.neuron.2018.08.011
复制
发表时间：
2018-09-19
期刊：
影响因子：
16.2
通讯作者：
Dror RO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hollingsworth SA;Dror RO
近年来，分子动力学（MD）模拟在分子生物学和药物发现中的影响急剧扩大。这些模拟捕捉蛋白质和其他生物分子的行为在完整的原子细节和非常精细的时间分辨率。在模拟速度、准确性和可访问性方面的重大改进，以及实验结构数据的激增，增加了生物分子模拟对实验学家的吸引力，这一趋势在神经科学中尤其明显，但肯定不限于此。模拟已被证明在破译蛋白质和其他生物分子的功能机制，揭示疾病的结构基础，以及小分子，肽和蛋白质的设计和优化方面很有价值。在这里，我们描述了在实际条件下的MD模拟可以提供的信息类型和方式，他们通常激励进一步的实验工作。
The impact of molecular dynamics (MD) simulations in molecular biology and drug discovery has expanded dramatically in recent years. These simulations capture the behavior of proteins and other biomolecules in full atomic detail and at very fine temporal resolution. Major improvements in simulation speed, accuracy, and accessibility, together with the proliferation of experimental structural data, have increased the appeal of biomolecular simulation to experimentalists—a trend particularly noticeable in , though certainly not limited to, neuroscience. Simulations have proven valuable in deciphering functional mechanisms of proteins and other biomolecules, in uncovering the structural basis for disease, and in the design and optimization of small molecules, peptides, and proteins. Here we describe in practical terms the types of information MD simulations can provide and the ways in which they typically motivate further experimental work.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Chevalier A;Silva DA;Rocklin GJ;Hicks DR;Vergara R;Murapa P;Bernard SM;Zhang L;Lam KH;Yao G;Bahl CD;Miyashita SI;Goreshnik I;Fuller JT;Koday MT;Jenkins CM;Colvin T;Carter L;Bohn A;Bryan CM;Fernández-Velasco DA;Stewart L;Dong M;Huang X;Jin R;Wilson IA;Fuller DH;Baker D
通讯作者：
Baker D
DOI：
10.1038/nrd2760
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.6
作者：
Baier, Carlos J.;Fantini, Jacques;Barrantes, Francisco J.
通讯作者：
Barrantes, Francisco J.
影响因子：
2.9
作者：
Batabyal D;Lewis-Ballester A;Yeh SR;Poulos TL
通讯作者：
Poulos TL
影响因子：
3
作者：
Bernardi, Rafael C.;Melo, Marcelo C. R.;Schulten, Klaus
通讯作者：
Schulten, Klaus