Using HHsearch to tackle proteins of unknown function: A pilot study with PH domains.
Using HHsearch to tackle proteins of unknown function: A pilot study with PH domains.
复制标题
DOI：
10.1111/tra.12432
复制
发表时间：
2016-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Levine TP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fidler DR;Murphy SE;Courtis K;Antonoudiou P;El-Tohamy R;Ient J;Levine TP
相对较高比例的功能未知的蛋白质阻碍了膜细胞生物学的进展。此类蛋白质大部分或完全缺乏结构上重要的域注释。结构生物信息学家开发了 HHsearch（在线版本称为 HHpred）等轮廓工具，它可以检测用于注释数据库的工具所遗漏的远程同源性。在这里，我们应用 HHsearch 研究单个模型生物中的单个结构折叠，作为原理证明。在酵母中共享 pleckstrin 同源结构域折叠的整个蛋白质结构域家族中，HHsearch 的系统应用准确地识别了已知的 PH 样结构域。它还预测了 13 种酵母蛋白中的 16 个新结构域，其中许多与细胞内运输有关。其中之一是 Vps13p，我们证实了预测的 PH 样结构域的功能重要性。尽管此类预测需要大量工作才能得到证实，但它们是有用的第一步。 HHsearch 应该得到更广泛的应用，特别是在模式生物的整个蛋白质组中，以显着改善数据库注释。
Advances in membrane cell biology are hampered by the relatively high proportion of proteins with no known function. Such proteins are largely or entirely devoid of structurally significant domain annotations. Structural bioinformaticians have developed profile‐profile tools such as HHsearch (online version called HHpred), which can detect remote homologies that are missed by tools used to annotate databases. Here we have applied HHsearch to study a single structural fold in a single model organism as proof of principle. In the entire clan of protein domains sharing the pleckstrin homology domain fold in yeast, systematic application of HHsearch accurately identified known PH‐like domains. It also predicted 16 new domains in 13 yeast proteins many of which are implicated in intracellular traffic. One of these was Vps13p, where we confirmed the functional importance of the predicted PH‐like domain. Even though such predictions require considerable work to be corroborated, they are useful first steps. HHsearch should be applied more widely, particularly across entire proteomes of model organisms, to significantly improve database annotations.
登录
查看更多内容
Pfam：氏族、网络工具和服务。
影响因子：
14.9
作者：
Finn, Robert D.;Mistry, Jaina;Schuster-Bockler, Benjamin;Griffiths-Jones, Sam;Hollich, Volker;Lassmann, Timo;Moxon, Simon;Marshall, Mhairi;Khanna, Ajay;Durbin, Richard;Eddy, Sean R.;Sonnhammer, Erik L. L.;Bateman, Alex
通讯作者：
Bateman, Alex
影响因子：
14.9
作者：
Gough, J;Chothia, C
通讯作者：
Chothia, C
影响因子：
16
作者：
Begley, MJ;Taylor, GS;Stuckey, JA
通讯作者：
Stuckey, JA
影响因子：
3.3
作者：
Hokanson, David E.;Laakso, Joseph M.;Ostap, E. Michael
通讯作者：
Ostap, E. Michael
影响因子：
14.9
作者：
Biegert A;Mayer C;Remmert M;Söding J;Lupas AN
通讯作者：
Lupas AN