HOX paralogs selectively convert binding of ubiquitous transcription factors into tissue-specific patterns of enhancer activation
HOX paralogs selectively convert binding of ubiquitous transcription factors into tissue-specific patterns of enhancer activation
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HOX旁系同源物选择性地将普遍存在的转录因子的结合转化为组织特异性的增强子激活模式
DOI：
10.1101/871640
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bridoux L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bridoux L
基因表达程序决定胚胎发育中的细胞命运，它们的失调导致疾病。转录因子通过与增强子结合来调控基因表达，但转录因子如何选择和激活其靶增强子仍不清楚。HOX TF具有高度相似的序列识别特性，但它们赋予不同动物身体部位的身份。为了了解HOX TF如何在体内控制其特异性转录程序，我们比较了小鼠胚胎中HOXA 2和HOXA 3的结合谱。H0XA 2和H0XA 3直接与TALE TF合作，并选择性地靶向广泛的TALE染色质平台的不同子集。HOX和组织特异性TF的结合将低亲和力TALE结合转化为高置信度的组织特异性结合事件，其具有活性增强子的标志。我们提出HOX旁系同源物，单独和与组织特异性TF组合，通过在选定的增强子处调节TALE TF的活性来产生组织特异性转录输出。
Gene expression programs determine cell fate in embryonic development and their dysregulation results in disease. Transcription factors (TFs) control gene expression by binding to enhancers, but how TFs select and activate their target enhancers is still unclear. HOX TFs share conserved homeodomains with highly similar sequence recognition properties, yet they impart the identity of different animal body parts. To understand how HOX TFs control their specific transcriptional programsin vivo, we compared HOXA2 and HOXA3 binding profiles in the mouse embryo. HOXA2 and HOXA3 directly cooperate with TALE TFs and selectively target different subsets of a broad TALE chromatin platform. Binding of HOX and tissue-specific TFs convert low affinity TALE binding into high confidence, tissue-specific binding events, which bear the mark of active enhancers. We propose that HOX paralogs, alone and in combination with tissue-specific TFs, generate tissue-specific transcriptional outputs by modulating the activity of TALE TFs at selected enhancers.
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影响因子：
5.6
作者：
Moyle-Heyrman G;Tims HS;Widom J
通讯作者：
Widom J
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
DOI：
10.1016/j.tig.2016.03.004
发表时间：
2016-06
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
作者：
Merabet S;Mann RS
通讯作者：
Mann RS
影响因子：
64.5
作者：
Boija A;Klein IA;Sabari BR;Dall'Agnese A;Coffey EL;Zamudio AV;Li CH;Shrinivas K;Manteiga JC;Hannett NM;Abraham BJ;Afeyan LK;Guo YE;Rimel JK;Fant CB;Schuijers J;Lee TI;Taatjes DJ;Young RA
通讯作者：
Young RA