A comparison of phylogenetic network methods using computer simulation.
A comparison of phylogenetic network methods using computer simulation.
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使用计算机模拟的系统发育网络方法的比较。
DOI：
10.1371/journal.pone.0001913
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发表时间：
2008-04-09
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Crandall KA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Woolley SM;Posada D;Crandall KA
我们提出了一系列的模拟研究，探讨几个系统发育网络的方法（统计简约，分裂分解，联盟的最大简约树，邻居网，模拟历史重组上限，中位数加入，减少中位数加入和最小生成网络）的相对性能相比，标准树的方法，（邻居加入和最大简约）重组的存在和不存在。在没有重组的情况下，所有的方法恢复正确的拓扑结构和分支长度几乎所有的时间时，替代率低，除了最小生成网络，这做得相当差。在较高的替代率，最大简约和最大简约树的联盟是最准确的。通过重组，所有方法推断正确拓扑结构的能力减半，并且没有方法可以准确估计分支长度。我们的研究结果强调了需要更准确的系统发育网络方法和检测和占系统发育研究中的重组的重要性。此外，我们提供了有用的信息，选择一个网络算法和一个框架，以评估现有的方法和新的算法在未来开发的改进。
We present a series of simulation studies that explore the relative performance of several phylogenetic network approaches (statistical parsimony, split decomposition, union of maximum parsimony trees, neighbor-net, simulated history recombination upper bound, median-joining, reduced median joining and minimum spanning network) compared to standard tree approaches, (neighbor-joining and maximum parsimony) in the presence and absence of recombination. In the absence of recombination, all methods recovered the correct topology and branch lengths nearly all of the time when the substitution rate was low, except for minimum spanning networks, which did considerably worse. At a higher substitution rate, maximum parsimony and union of maximum parsimony trees were the most accurate. With recombination, the ability to infer the correct topology was halved for all methods and no method could accurately estimate branch lengths. Our results highlight the need for more accurate phylogenetic network methods and the importance of detecting and accounting for recombination in phylogenetic studies. Furthermore, we provide useful information for choosing a network algorithm and a framework in which to evaluate improvements to existing methods and novel algorithms developed in the future.
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作者：
Clement, M;Posada, D;Crandall, KA
通讯作者：
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