HDXmodeller: an online webserver for high-resolution HDX-MS with auto-validation.
HDXmodeller: an online webserver for high-resolution HDX-MS with auto-validation.
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HDXmodeller：具有自动验证功能的高分辨率 HDX-MS 在线网络服务器。
DOI：
10.1038/s42003-021-01709-x
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发表时间：
2021-02-15
影响因子：
5.9
通讯作者：
Borysik AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Salmas RE;Borysik AJ
保护蛋白质免受氢氘交换（HDX）的程度提供了对其折叠，动力学和相互作用的有价值的见解。HDX以质谱（MS）为特征，其质量限制可忽略不计，具有出色的通量和灵敏度，但以分辨率为代价。对于单个残基自然发生的交换机制不能准确定位或理解，因为氨基酸的特征在于不同大小的组，这取决于蛋白水解消化的程度。HDXmodeller是世界上第一个用于高分辨率HDX-MS的在线网络服务器。HDXmodeller接受低分辨率HDX-MS输入数据，并返回每个残留物的高分辨率量化汇率。至关重要的是，HDXmodeller还返回一组独特的统计数据，可以正确验证汇率模型，准确率达到99%。值得注意的是，这些统计数据是在没有任何关于个别汇率的先验知识的情况下得出的，并促进了无与伦比的用户信心和评估不同数据优化策略的能力。Salmas和Borysik开发了HDXmodeller，这是一个用于高分辨率HDX-MS分析的在线网络服务器。他们的方法返回每个残差量化的高分辨率汇率以及以高精度验证汇率模型的统计数据。他们的方法对用户非常有用，因为它有助于以高置信度评估不同的数据优化。
The extent to which proteins are protected from hydrogen deuterium exchange (HDX) provides valuable insight into their folding, dynamics and interactions. Characterised by mass spectrometry (MS), HDX benefits from negligible mass restrictions and exceptional throughput and sensitivity but at the expense of resolution. Exchange mechanisms which naturally transpire for individual residues cannot be accurately located or understood because amino acids are characterised in differently sized groups depending on the extent of proteolytic digestion. Here we report HDXmodeller, the world’s first online webserver for high-resolution HDX-MS. HDXmodeller accepts low-resolution HDX-MS input data and returns high-resolution exchange rates quantified for each residue. Crucially, HDXmodeller also returns a set of unique statistics that can correctly validate exchange rate models to an accuracy of 99%. Remarkably, these statistics are derived without any prior knowledge of the individual exchange rates and facilitate unparallel user confidence and the capacity to evaluate different data optimisation strategies. Salmas and Borysik develop HDXmodeller, an online webserver for high-resolution HDX-MS analysis. Their method returns high-resolution exchange rates quantified per residue as well as statistics that validate the exchange rate models with high accuracy. Their method will be very useful for users as it facilitates the evaluation of different data optimisations with high confidence.
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影响因子：
48
作者：
Masson, Glenn R.;Burke, John E.;Rand, Kasper D.
通讯作者：
Rand, Kasper D.
影响因子：
3
作者：
Althaus E;Canzar S;Ehrler C;Emmett MR;Karrenbauer A;Marshall AG;Meyer-Bäse A;Tipton JD;Zhang HM
通讯作者：
Zhang HM
DOI：
10.1021/acs.jpcb.6b09358
发表时间：
2017-04-20
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Saltzberg DJ;Broughton HB;Pellarin R;Chalmers MJ;Espada A;Dodge JA;Pascal BD;Griffin PR;Humblet C;Sali A
通讯作者：
Sali A
影响因子：
16.6
作者：
Nielsen, Anne Kathrine;Moller, Ingvar R.;Loland, Claus J.
通讯作者：
Loland, Claus J.
DOI：
10.1002/prot.340170110
发表时间：
1993-09-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
BAI, YW;MILNE, JS;ENGLANDER, SW
通讯作者：
ENGLANDER, SW