Identification of high-confidence RNA regulatory elements by combinatorial classification of RNA-protein binding sites.
Identification of high-confidence RNA regulatory elements by combinatorial classification of RNA-protein binding sites.
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通过 RNA-蛋白质结合位点的组合分类来鉴定高可信度的 RNA 调控元件。
DOI：
10.1186/s13059-017-1298-8
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发表时间：
2017-09-08
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Lu ZJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li YE;Xiao M;Shi B;Yang YT;Wang D;Wang F;Marcia M;Lu ZJ
交联免疫沉淀测序(CLIP-SEQ)技术使研究人员能够以高分辨率表征RNA结合蛋白(RBP)的转录组范围的结合位点。我们将一种软聚类方法RBPgroup应用于各种CLIP-SEQ数据集，以将特定结合相同RNA位点的RBP分组在一起。限制性商业惯例的这种组合聚类有助于解释CLIP-SEQ数据，并建议功能RNA调节元件。此外，我们在细胞系中验证了两个RBP-RBP相互作用。我们的方法将已知具有相似生化和细胞性质的蛋白质和RNA基序联系起来，当与额外的实验数据结合使用时，可以识别高置信度RBP基团及其相关的RNA调节元件。本文的在线版本(doi：10.1186/s13059-017-1298-8)包含补充材料，授权用户可以使用。
Crosslinking immunoprecipitation sequencing (CLIP-seq) technologies have enabled researchers to characterize transcriptome-wide binding sites of RNA-binding protein (RBP) with high resolution. We apply a soft-clustering method, RBPgroup, to various CLIP-seq datasets to group together RBPs that specifically bind the same RNA sites. Such combinatorial clustering of RBPs helps interpret CLIP-seq data and suggests functional RNA regulatory elements. Furthermore, we validate two RBP–RBP interactions in cell lines. Our approach links proteins and RNA motifs known to possess similar biochemical and cellular properties and can, when used in conjunction with additional experimental data, identify high-confidence RBP groups and their associated RNA regulatory elements. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-017-1298-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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