Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis and leukemia evolution.
Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis and leukemia evolution.
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DOI：
10.1038/ng.3646
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发表时间：
2016-10
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Chang, Howard Y.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Corces, M. Ryan;Buenrostro, Jason D.;Wu, Beijing;Greenside, Peyton G.;Chan, Steven M.;Koenig, Julie L.;Snyder, Michael P.;Pritchard, Jonathan K.;Kundaje, Anshul;Gkeenleaf, William J.;Majeti, Ravindra;Chang, Howard Y.
我们确定了13种人类原代血细胞类型的染色质可及性和转录图谱，这些细胞类型贯穿造血谱系。利用增强子图谱比mRNA水平更能反映细胞特性这一发现，我们实现了“增强子细胞计数法”，用于从复杂群体中对纯细胞类型进行计数。我们确定了调控造血分化的调节因子，并进一步揭示了与多种人类疾病相关的遗传元件的谱系发生。在急性髓系白血病（AML）中，染色质可及性揭示了癌细胞中随着突变负荷增加而独特的调控演变。单个AML细胞表现出不同发育阶段独特的混合调控组图谱。一种解释这种调控异质性的方法确定了癌症特异性偏差，并表明HOX因子是白血病前造血干细胞特征的关键调节因子。因此，调控组动态可以为造血发育和疾病提供多种见解。
We define the chromatin accessibility and transcriptional landscapes in thirteen human primary blood cell types that traverse the hematopoietic hierarchy. Exploiting the finding that the enhancer landscape better reflects cell identity than mRNA levels, we enable “enhancer cytometry” for enumeration of pure cell types from complex populations. We identify regulators governing hematopoietic differentiation and further reveal the lineage ontogeny of genetic elements linked to diverse human diseases. In acute myeloid leukemia (AML), chromatin accessibility reveals unique regulatory evolution in cancer cells with progressive mutation burden. Single AML cells exhibit distinctive mixed regulome profiles of disparate developmental stages. A method to account for this regulatory heterogeneity identified cancer-specific deviations and implicated HOX factors as key regulators of pre-leukemic HSC characteristics. Thus, regulome dynamics can provide diverse insights into hematopoietic development and disease.
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DOI：
10.1056/nejmoa1409405
发表时间：
2014-12-25
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Genovese G;Kähler AK;Handsaker RE;Lindberg J;Rose SA;Bakhoum SF;Chambert K;Mick E;Neale BM;Fromer M;Purcell SM;Svantesson O;Landén M;Höglund M;Lehmann S;Gabriel SB;Moran JL;Lander ES;Sullivan PF;Sklar P;Grönberg H;Hultman CM;McCarroll SA
通讯作者：
McCarroll SA
DOI：
10.1126/science.1251033
发表时间：
2014-09-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chen L;Kostadima M;Martens JHA;Canu G;Garcia SP;Turro E;Downes K;Macaulay IC;Bielczyk-Maczynska E;Coe S;Farrow S;Poudel P;Burden F;Jansen SBG;Astle WJ;Attwood A;Bariana T;de Bono B;Breschi A;Chambers JC;Consortium B;Choudry FA;Clarke L;Coupland P;van der Ent M;Erber WN;Jansen JH;Favier R;Fenech ME;Foad N;Freson K;van Geet C;Gomez K;Guigo R;Hampshire D;Kelly AM;Kerstens HHD;Kooner JS;Laffan M;Lentaigne C;Labalette C;Martin T;Meacham S;Mumford A;Nürnberg S;Palumbo E;van der Reijden BA;Richardson D;Sammut SJ;Slodkowicz G;Tamuri AU;Vasquez L;Voss K;Watt S;Westbury S;Flicek P;Loos R;Goldman N;Bertone P;Read RJ;Richardson S;Cvejic A;Soranzo N;Ouwehand WH;Stunnenberg HG;Frontini M;Rendon A
通讯作者：
Rendon A
影响因子：
2.6
作者：
Hartman, Amy D.;Wilson-Weekes, Annique;Boswell, H. Scott
通讯作者：
Boswell, H. Scott
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ
DOI：
10.1126/science.1256271
发表时间：
2014-08-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lara-Astiaso D;Weiner A;Lorenzo-Vivas E;Zaretsky I;Jaitin DA;David E;Keren-Shaul H;Mildner A;Winter D;Jung S;Friedman N;Amit I
通讯作者：
Amit I