Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling.
Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling.
复制标题
全基因组分析在体内翻译，并使用核糖体谱分辨率分辨出核苷酸分析。
DOI：
10.1126/science.1168978
复制
发表时间：
2009-04-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Weissman JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ingolia NT;Ghaemmaghami S;Newman JR;Weissman JS
系统监测蛋白质翻译的技术远远落后于测量信使 RNA (mRNA) 水平的方法。在这里，我们提出了一种核糖体分析策略，该策略基于核糖体保护的 mRNA 片段的深度测序，并能够通过子密码子分辨率进行全基因组翻译研究。我们使用这种技术来监测芽殖酵母在丰富和饥饿条件下的翻译。这些研究定义了正在翻译的蛋白质序列，并发现在确定绝对蛋白质丰度和响应环境压力方面存在广泛的翻译控制。我们还观察到翻译过程中的不同阶段，包括从早期到晚期肽延伸的核糖体密度大幅下降以及非腺嘌呤-尿嘧啶-鸟嘌呤（AUG）密码子的广泛调节起始。核糖体分析很容易适应其他生物体，从而可以通过实验对蛋白质翻译进行高精度研究。
Techniques for systematically monitoring protein translation have lagged far behind methods for measuring messenger RNA (mRNA) levels. Here, we present a ribosome-profiling strategy that is based on the deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments and enables genome-wide investigation of translation with subcodon resolution. We used this technique to monitor translation in budding yeast under both rich and starvation conditions. These studies defined the protein sequences being translated and found extensive translational control in both determining absolute protein abundance and responding to environmental stress. We also observed distinct phases during translation that involve a large decrease in ribosome density going from early to late peptide elongation as well as widespread regulated initiation at non—adenine-uracil-guanine (AUG) codons. Ribosome profiling is readily adaptable to other organisms, making high-precision investigation of protein translation experimentally accessible.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Baek, Daehyun;Villen, Judit;Shin, Chanseok;Camargo, Fernando D.;Gygi, Steven P.;Bartel, David P.
通讯作者：
Bartel, David P.
影响因子：
4.8
作者：
Chang, KJ;Wang, CC
通讯作者：
Wang, CC
影响因子：
64.5
作者：
NELSON, RJ;ZIEGELHOFFER, T;CRAIG, EA
通讯作者：
CRAIG, EA
影响因子：
4.8
作者：
Tang, HL;Yeh, LS;Wang, CC
通讯作者：
Wang, CC
影响因子：
48
作者：
Mortazavi, Ali;Williams, Brian A.;Wold, Barbara
通讯作者：
Wold, Barbara