Parallel Tempering Simulation on Generalized Canonical Ensemble
Parallel Tempering Simulation on Generalized Canonical Ensemble
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广义正则系综的并行回火仿真
DOI：
10.4208/cicp.120811.200112a
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发表时间：
2012-11
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ou-Yang, Zhong-Can
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Shun;Zhou, Xin;Ou-Yang, Zhong-Can
并行回火模拟广泛应用于复杂能面系统的增强采样。因此，我们引入广义正则系综（GCE），而不是通常的正则系综的并行回火，以进一步提高模拟技术的能力。GCE利用自适应的权函数，在相位共存区获得单峰能量分布，然后在GCE上进行并行回火，得到稳定的交换接受率（SAR），而不是正则系综上SAR的波动.利用稳定的SAR，我们可以方便地分配并行回火模拟的参数，以更有效地达到不同相之间的平衡。本文以二维Potts模型为例，介绍了基于GCE的并行回火模拟方法。结果表明，新的并行回火方法更有效地估计统计量（即，对构象空间进行采样），特别是在较大系统的相共存区域中。
Parallel tempering simulation is widely used in enhanced sampling of systems with complex energy surfaces. We hereby introduce generalized canonical ensemble (GCE) instead of the usual canonical ensemble into the parallel tempering to further improve abilities of the simulation technique. GCE utilizes an adapted weight function to obtain a unimodal energy distribution even in phase-coexisting region and then the parallel tempering on GCE yields the steady swap acceptance rates (SARs) instead of the fluctuated SARs in that on canonical ensemble. With the steady SARs, we can facilitate assign the parameters of the parallel tempering simulation to more efficiently reach equilibrium among different phases. We illustrate the parallel tempering simulation on GCE in the phase-coexisting region of 2-dimensional Potts model, a benchmark system for new simulation method developing. The result indicates that the new parallel tempering method is more efficient to estimate statistical quantities (i.e., to sample the conformational space) than the normal parallel tempering, specially in phase-coexisting regions of larger systems.
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影响因子：
4.4
作者：
Kofke, DA
通讯作者：
Kofke, DA
DOI：
10.1016/j.physa.2006.01.025
发表时间：
2005-09
影响因子：
3.3
作者：
Hugo Touchette;M. Costeniuc;Richard S. Ellis;B. Turkington
通讯作者：
Hugo Touchette;M. Costeniuc;Richard S. Ellis;B. Turkington
DOI：
10.1088/1751-8113/42/33/335003
发表时间：
2009-07
期刊：
Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical
影响因子：
--
作者：
L. Velázquez;S. Curilef
通讯作者：
L. Velázquez;S. Curilef
DOI：
10.1103/physreve.74.036702
发表时间：
2006-09
期刊：
Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics
影响因子：
--
作者：
T. Neuhaus;J. Hager
通讯作者：
T. Neuhaus;J. Hager
DOI：
10.1088/1751-8113/42/9/095006
发表时间：
2007-02
期刊：
Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical
影响因子：
--
作者：
L. Velázquez;S. Curilef
通讯作者：
L. Velázquez;S. Curilef