Post-acquisition ETD spectral processing for increased peptide identifications.
Post-acquisition ETD spectral processing for increased peptide identifications.
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DOI：
10.1016/j.jasms.2009.03.006
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发表时间：
2009-08
影响因子：
3.2
通讯作者：
Coon JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Good DM;Wenger CD;McAlister GC;Bai DL;Hunt DF;Coon JJ
使用电子转移解离 (ETD) 产生的串联质谱 (MS/MS) 与碰撞激活解离 (CAD) 产生的串联质谱 (MS/MS) 在几个重要方面有所不同。首先，主要碎片离子系列不同：ETD 光谱中偏爱c 型和z• 型离子，而CAD 光谱中主要是b 型和y 型离子。此外，ETD 光谱具有特定的中性损失和电荷减少的前体。大多数数据库搜索算法都是为分析 CAD 谱而设计的，最近才适应 c 离子和 z• 离子。然而，包含这些额外的光谱特征可能会阻碍识别，导致置信度降低和灵敏度降低。因此，在提交数据库搜索之前对光谱数据进行预处理非常重要，以消除那些导致复杂化的特征。在这里，我们使用开放质谱搜索算法 (OMSSA) 演示了在 1% 错误发现率 (FDR) 下删除这些特征对识别数量的影响。在总共 3 次分析中分析酵母蛋白提取物的两个生物重复时，经过光谱预处理，FDR 约为 1% 的鉴定数量从约 4611 增加到约 5931，增加了约 28.6%。我们概述了最有效的预处理方法，并提供包含这些算法的免费软件。
Tandem mass spectra (MS/MS) produced using electron transfer dissociation (ETD) differ from those derived from collision-activated dissociation (CAD) in several important ways. Foremost, the predominant fragment ion series are different: c-and z•-type ions are favored in ETD spectra while b-and y-type ions comprise the bulk of the CAD spectra. Additionally, ETD spectra possess specific neutral losses and charge-reduced precursors . Most database search algorithms were designed to analyze CAD spectra, and have only recently been adapted to accomodate c-and z•-ions; however, inclusion of these additional spectral features can hinder identification, leading to lower confidence scores and decreased sensitivity. Therefore, it is important to pre-process spectral data prior to submission to a database search to remove those features which cause complications. Here, we demonstrate the effect of removing these features on the number of identifications at a 1% false discovery rate (FDR) using the open mass spectrometry search algorithm (OMSSA). When analyzing two biological replicates of a yeast protein extract in three total analyses, the number of identifications with a ~1% FDR increased from ~4611 to ~5931 upon spectral pre-processing – an increase of ~28.6%. We outline the most effective pre-processing methods, and provide free software containing these algorithms.
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影响因子：
4.4
作者：
McAlister, Graeme C.;Berggren, W. Travis;Griep-Raming, Jens;Horning, Stevan;Makarov, Alexander;Phanstiel, Doug;Stafford, George;Swaney, Danielle L.;Syka, John E. P.;Zabrouskov, Vlad;Coon, Joshua J.
通讯作者：
Coon, Joshua J.
DOI：
10.1073/pnas.0607084104
发表时间：
2007-02-13
影响因子：
11.1
作者：
Chi, An;Huttenhower, Curtis;Hunt, Donald F.
通讯作者：
Hunt, Donald F.
DOI：
10.1073/pnas.0611217104
发表时间：
2007-02-13
影响因子：
11.1
作者：
Molina, Henrik;Horn, David M.;Pandey, Akhilesh
通讯作者：
Pandey, Akhilesh
DOI：
10.1016/s1044-0305(01)00357-9
发表时间：
2002-03-01
影响因子：
3.2
作者：
Cooper, HJ;Hudgins, RR;Marshall, AG
通讯作者：
Marshall, AG
影响因子：
7.4
作者：
Martin, SE;Shabanowitz, J;Marto, JA
通讯作者：
Marto, JA