Specific site selection in RNA resulting from a combination of nonspecific secondary structure and -CCR- boxes: initiation of minus strand synthesis by turnip yellow mosaic virus RNA-dependent RNA polymerase.
Specific site selection in RNA resulting from a combination of nonspecific secondary structure and -CCR- boxes: initiation of minus strand synthesis by turnip yellow mosaic virus RNA-dependent RNA polymerase.
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由非特异性二级结构和-CCR-盒组合产生的RNA中的特异性位点选择：萝卜黄花叶病毒RNA依赖性RNA聚合酶启动负链合成。
DOI：
10.1017/s1355838298980694
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发表时间：
1998
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dreher,TW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Singh,RN;Dreher,TW
利用芜菁黄花叶病毒RNA依赖的RNA聚合酶活性研究了体外负链合成的模板要求，该负链合成是在终止3′-tRNA样结构的3′-CCA的对面特异性启动的。缺失调查证实了早期的结果，即假结受体茎和3′-末端上游不存在负链启动子元件。重复这27个核苷酸的结构域提供了两个竞争的起始位点。通过改变添加的下游元件，表明假结结构域可以在功能上被各种简单的茎/环取代，尽管活性有所降低。将不同数量的连续-CCA-三联体添加到tRNA样结构的3′端，导致从每个添加的三联体精确起始。由12个连续的CCA三联体组成且没有额外的病毒序列的非结构化RNA也发生了类似的启动谱。取代突变显示没有影响负链合成的身份的核苷酸直接上游的一个-CC-起始位点，但一个嘌呤直接下游的偏好。将二级结构引入线性模板中表明，潜在的-CCR-起始位点的使用受到非特异性二级结构的影响。我们的结论是特异性来自于-CCR-序列空间可及的要求。该机制仅适用于在位点选择过程中不涉及RNA解旋的相互作用，但通常可用于正链RNA病毒复制，并适用于其他RNA-蛋白质相互作用。
A turnip yellow mosaic virus RNA-dependent RNA polymerase activity was used to study the template requirements for in vitro minus strand synthesis, which is initiated specifically opposite the 3′-CCA that terminates the 3′-tRNA-like structure. A deletion survey confirmed earlier results suggesting the absence of minus strand promoter elements upstream of the pseudoknotted acceptor stem and 3′-terminus. Reiteration of this 27-nt domain provided two competing initiation sites. By varying the added downstream element, it was shown that the pseudoknotted domain could be functionally replaced by various simple stem/loops, although with some decrease in activity. The addition of varying numbers of consecutive -CCA- triplets to the 3′ end of the tRNA-like structure resulted in accurate initiation from each added triplet. A similar spectrum of initiations occurred with an unstructured RNA consisting of 12 consecutive -CCA- triplets and no additional viral sequence. Substitution mutations revealed no influence on minus strand synthesis of the identity of the nucleotide immediately upstream of a -CC- initiation site, but a preference for a purine immediately downstream. The introduction of secondary structure into the linear template showed that the usage of potential -CCR- initiation sites is influenced by nonspecific secondary structure. We conclude that specificity arises from the requirement that a -CCR- sequence be sterically accessible. This mechanism is only applicable to interactions that do not involve RNA unwinding during site selection, but may be used commonly in positive strand RNA virus replication and be applicable to other RNA–protein interactions.
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RNA 启动子位于与芜菁皱纹病毒相关的亚病毒 RNA 的 (-) 链上。
DOI：
--
发表时间：
1997
期刊：
RNA: A publication of the RNA Society
影响因子：
--
作者：
H. Guan;C. Song;A. Simon
通讯作者：
A. Simon
芜菁黄花叶病毒RNA依赖性RNA聚合酶：体外负链合成的起始。
DOI：
10.1006/viro.1997.8621
发表时间：
1997
期刊：
Virology.
影响因子：
--
作者：
Singh,RN;Dreher,TW
通讯作者：
Dreher,TW
影响因子：
5.6
作者：
MILLER, WA;BUJARSKI, JJ;HALL, TC
通讯作者：
HALL, TC
植物病毒学，第三版
DOI：
--
发表时间：
1970
期刊：
影响因子：
--
作者：
R. Matthews
通讯作者：
R. Matthews
在没有氨酰化的情况下具有感染性的嵌合萝卜黄花叶病毒基因组的表征。
DOI：
10.1006/viro.1997.8475
发表时间：
1997
期刊：
Virology.
影响因子：
--
作者：
Goodwin,JB;Skuzeski,JM;Dreher,TW
通讯作者：
Dreher,TW