CellAtlasSearch: a scalable search engine for single cells.
CellAtlasSearch: a scalable search engine for single cells.
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DOI：
10.1093/nar/gky421
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sengupta D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Srivastava D;Iyer A;Kumar V;Sengupta D
由于高通量单细胞转录组学的出现，过去几年中基因表达数据的产生呈指数增长。最近，各种研究小组已经努力使来自大量研究的单细胞表达均质化和储存。这种不断增长的数据洪流的真正价值可以通过使其可搜索来释放。为此，我们提出了一种新的搜索架构CelltumorasSearch的高维表达数据，这是大规模并行以及轻量级的，因此无限可扩展。在CellDataSearch中，我们使用图形处理单元（GPU）友好版本的局部敏感哈希（LSH），以实现数据处理和查询的无与伦比的加速。目前，CelltumorasSearch拥有超过30万个参考表达谱，包括批量和单细胞数据。它使用户能够查询单个单细胞转录组，并从数据库中找到匹配的样本沿着必要的Meta信息。CelltumorasSearch旨在帮助研究人员和临床医生表征未注释的单细胞。它还通过将单细胞表达谱投影到各种各样的参考样品上，促进了单细胞表达谱的无噪声、低维表示。可在http://www.cellatlassearch.com上访问网络服务器。
Owing to the advent of high throughput single cell transcriptomics, past few years have seen exponential growth in production of gene expression data. Recently efforts have been made by various research groups to homogenize and store single cell expression from a large number of studies. The true value of this ever increasing data deluge can be unlocked by making it searchable. To this end, we propose CellAtlasSearch, a novel search architecture for high dimensional expression data, which is massively parallel as well as light-weight, thus infinitely scalable. In CellAtlasSearch, we use a Graphical Processing Unit (GPU) friendly version of Locality Sensitive Hashing (LSH) for unmatched speedup in data processing and query. Currently, CellAtlasSearch features over 300 000 reference expression profiles including both bulk and single-cell data. It enables the user query individual single cell transcriptomes and finds matching samples from the database along with necessary meta information. CellAtlasSearch aims to assist researchers and clinicians in characterizing unannotated single cells. It also facilitates noise free, low dimensional representation of single-cell expression profiles by projecting them on a wide variety of reference samples. The web-server is accessible at: http://www.cellatlassearch.com.
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影响因子：
46.9
作者：
Wagner A;Regev A;Yosef N
通讯作者：
Yosef N
影响因子：
16.6
作者：
Zheng GX;Terry JM;Belgrader P;Ryvkin P;Bent ZW;Wilson R;Ziraldo SB;Wheeler TD;McDermott GP;Zhu J;Gregory MT;Shuga J;Montesclaros L;Underwood JG;Masquelier DA;Nishimura SY;Schnall-Levin M;Wyatt PW;Hindson CM;Bharadwaj R;Wong A;Ness KD;Beppu LW;Deeg HJ;McFarland C;Loeb KR;Valente WJ;Ericson NG;Stevens EA;Radich JP;Mikkelsen TS;Hindson BJ;Bielas JH
通讯作者：
Bielas JH
DOI：
10.1126/science.1262110
发表时间：
2015-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
GTEx Consortium
通讯作者：
GTEx Consortium
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
7.7
作者：
Regev, Aviv;Teichmann, Sarah A;Yosef, Nir
通讯作者：
Yosef, Nir