Embryonic transcriptome sequencing of the ocellate spot skate Okamejei kenojei.
Embryonic transcriptome sequencing of the ocellate spot skate Okamejei kenojei.
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DOI：
10.1038/sdata.2018.200
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发表时间：
2018-10-08
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Kuraku S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tanegashima C;Nishimura O;Motone F;Tatsumi K;Kadota M;Kuraku S
软骨鱼类（软骨鱼类）表现出高度可变的生殖方式，分为胎生和卵生。其中，卵生物种提供了一个巨大的潜力，分子实验与稳定的样品供应，不需要牺牲活的母亲。软骨鱼类分为两个子类，银鲛（Holocephali）和板鳃类（Elasmobranchii），后者由两个单系群组成，Batoidea（鳐，鳐和鱼雷）和Selachimorpha（鲨鱼）。在这里，我们报告的ocellate点滑冰Okamejei kenojei，其胚胎组织的链特异性RNA-seq产生的转录组组件。我们从使用四种不同组织结构域制备的文库中获得了总共3.25亿个illumina短读段，并将它们组装在一起。拼接结果证实了物种的真实性和重叠群序列的高度连续性。此外，评估其覆盖范围的预先选择的一对一的直系同源物支持在组装的转录本的高度多样性。我们的产品有望提供一个基础的比较分子研究，包括其他软骨鱼类物种与新兴的基因组和转录组序列信息。
Chondrichthyans (cartilaginous fishes) exhibit highly variable reproductive styles, categorized as viviparity and oviparity. Among these, species with oviparity provide an enormous potential of molecular experimentation with stable sample supply which does not demand the sacrifices of live mothers. Cartilaginous fishes are divided into two subclasses, chimaeras (Holocephali) and elasmobranchs (Elasmobranchii), and the latter consists of two monophyletic groups, Batoidea (rays, skates and torpedoes) and Selachimorpha (sharks). Here we report transcriptome assemblies of the ocellate spot skate Okamejei kenojei, produced by strand-specific RNA-seq of its embryonic tissues. We obtained a total of 325 million illumina short reads from libraries prepared using four different tissue domains and assembled them all together. Our assembly result confirmed the species authenticity and high continuity of contig sequences. Also, assessment of its coverage of pre-selected one-to-one orthologs supported high diversity of transcripts in the assemblies. Our products are expected to provide a basis of comparative molecular studies encompassing other chondrichthyan species with emerging genomic and transcriptomic sequence information.
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影响因子：
14.9
作者：
Mistry J;Finn RD;Eddy SR;Bateman A;Punta M
通讯作者：
Punta M
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
4.1
作者：
Lopez, J. Andres;Ryburn, Julie A.;Naylor, Gavin J. P.
通讯作者：
Naylor, Gavin J. P.
影响因子：
5.8
作者：
Simao, Felipe A.;Waterhouse, Robert M.;Zdobnov, Evgeny M.
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--