Isobaric labeling-based relative quantification in shotgun proteomics.
Isobaric labeling-based relative quantification in shotgun proteomics.
复制标题
shot弹枪蛋白质组学中的基于等速标记的相对定量。
DOI：
10.1021/pr500880b
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发表时间：
2014-12-05
影响因子：
4.4
通讯作者：
Yates, John R., III
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rauniyar, Navin;Yates, John R., III
关键词：
质谱在蛋白质的相对定量比较中起着关键作用，以了解它们在生物系统中的功能作用。在这篇综述中，我们回顾了研究的不同方面的同量异位素标记为基础的相对定量鸟枪蛋白质组学分析。特别是，我们专注于不同类型的同量异位试剂及其反应化学（例如，胺-、羰基-和巯基反应性）。各种因素，如比率压缩，报告离子动态范围等，导致低估了样品中蛋白质相对丰度的变化，破坏了同量异位素标记方法真正定量的能力。将讨论影响定量的这些因素以及实验设计和最佳数据采集方法的建议组合，以提高测量的精密度和准确度。最后，还探讨了同量异位素标记方法在超复合策略、靶向定量和磷酸肽分析中的应用。
Mass spectrometry plays a key role in relative quantitative comparisons of proteins in order to understand their functional role in biological systems upon perturbation. In this review, we review studies that examine different aspects of isobaric labeling-based relative quantification for shotgun proteomic analysis. In particular, we focus on different types of isobaric reagents and their reaction chemistry (e.g., amine-, carbonyl-, and sulfhydryl-reactive). Various factors, such as ratio compression, reporter ion dynamic range, and others, cause an underestimation of changes in relative abundance of proteins across samples, undermining the ability of the isobaric labeling approach to be truly quantitative. These factors that affect quantification and the suggested combinations of experimental design and optimal data acquisition methods to increase the precision and accuracy of the measurements will be discussed. Finally, the extended application of isobaric labeling-based approach in hyperplexing strategy, targeted quantification, and phosphopeptide analysis are also examined.
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