Genome-wide screen identifies new candidate genes associated with artemisinin susceptibility in Plasmodium falciparum in Kenya.
Genome-wide screen identifies new candidate genes associated with artemisinin susceptibility in Plasmodium falciparum in Kenya.
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DOI：
10.1038/srep03318
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发表时间：
2013-11-25
影响因子：
4.6
通讯作者：
Clark TG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Borrmann S;Straimer J;Mwai L;Abdi A;Rippert A;Okombo J;Muriithi S;Sasi P;Kortok MM;Lowe B;Campino S;Assefa S;Auburn S;Manske M;Maslen G;Peshu N;Kwiatkowski DP;Marsh K;Nzila A;Clark TG
及早查明抗疟药物耐药性背后的致病基因变异，可为及时采取公共卫生干预措施提供强有力的流行病学工具。使用一种新的自然遗传学策略来定位新的候选基因，我们分析了从27个恶性疟原虫分离株的高分辨率全基因组测序数据中选择的> 75，000个高质量的单核苷酸多态性。我们确定了与双氢青蒿素易感性相关的遗传变异，涉及13号染色体上的一个区域，1号染色体上的候选基因（PFA0220w，UBP 1直系同源物）和其他基因（PFB 0560w，PFB 0630c，PFF 0445w），这些基因在蛋白质稳态和应激反应中具有假定的作用。在PFA0220w上有强的正选择信号，而在其他候选位点上没有。我们的研究结果证明了基于全基因组测序的关联研究的力量，发现了决定寄生虫对青蒿素敏感性的候选基因。我们的研究为解释耐药感染的结果提供了独特的参考。
Early identification of causal genetic variants underlying antimalarial drug resistance could provide robust epidemiological tools for timely public health interventions. Using a novel natural genetics strategy for mapping novel candidate genes we analyzed >75,000 high quality single nucleotide polymorphisms selected from high-resolution whole-genome sequencing data in 27 isolates of Plasmodium falciparum. We identified genetic variants associated with susceptibility to dihydroartemisinin that implicate one region on chromosome 13, a candidate gene on chromosome 1 (PFA0220w, a UBP1 ortholog) and others (PFB0560w, PFB0630c, PFF0445w) with putative roles in protein homeostasis and stress response. There was a strong signal for positive selection on PFA0220w, but not the other candidate loci. Our results demonstrate the power of full-genome sequencing-based association studies for uncovering candidate genes that determine parasite sensitivity to artemisinins. Our study provides a unique reference for the interpretation of results from resistant infections.
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影响因子：
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作者：
Prieto JH;Koncarevic S;Park SK;Yates J 3rd;Becker K
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Becker K
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作者：
DECOURSEY, TE;CHANDY, KG;CAHALAN, MD
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作者：
Mwai L;Ochong E;Abdirahman A;Kiara SM;Ward S;Kokwaro G;Sasi P;Marsh K;Borrmann S;Mackinnon M;Nzila A
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