Unexpected patterns of Epstein-Barr virus transcription revealed by a high throughput PCR array for absolute quantification of viral mRNA.
Unexpected patterns of Epstein-Barr virus transcription revealed by a high throughput PCR array for absolute quantification of viral mRNA.
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DOI：
10.1016/j.virol.2014.10.030
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发表时间：
2015-01-01
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Rowe, Martin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tierney, Rosemary J.;Shannon-Lowe, Claire D.;Fitzsimmons, Leah;Bell, Andrew I.;Rowe, Martin
关键词：
我们已经验证了一个灵活、高通量且相对便宜的 RT-QPCR 阵列平台，用于对不同潜伏和裂解感染状态下的 Epstein-Barr 病毒转录本进行绝对定量。报告了一些新的观察结果。首先，在正常 B 细胞感染过程中，Cp 启动子激活后，Wp 启动的潜伏基因转录物仍然比迄今为止所怀疑的要丰富得多。其次，EBNA1 转录物水平在所有形式的潜伏期中都非常低，通常每个细胞有 1 到 10 个转录物。 EBNA3A、-3B 和 -3C 转录本的潜伏期 III 也非常低，通常水平与 EBNA1 转录本相似或更低。第三，在伯基特淋巴瘤系中可检测到低水平的裂解基因转录物子集，包括：具有致癌特性的BILF1，以及特征不明的LF1、LF2和LF3基因。对七个非洲 BL 活组织检查的分析证实了这一转录谱，但还揭示了 LMP2 转录物的显着表达。我们已经验证了 QPCR 阵列平台来量化 Epstein-Barr 病毒转录本。从 ng 量的 RNA 开始检测 45 个病毒转录本。在所有形式的潜伏期中，EBNA1 转录水平都非常低。在伯基特淋巴瘤细胞系中可检测到 BILF1、LF1、LF2 和 LF3 转录本。 BL 活检中也检测到显着水平的 LMP2 转录物。
We have validated a flexible, high-throughput and relatively inexpensive RT-QPCR array platform for absolute quantification of Epstein–Barr virus transcripts in different latent and lytic infection states. Several novel observations are reported. First, during infection of normal B cells, Wp-initiated latent gene transcripts remain far more abundant following activation of the Cp promoter than was hitherto suspected. Second, EBNA1 transcript levels are remarkably low in all forms of latency, typically ranging from 1 to 10 transcripts per cell. EBNA3A, -3B and -3C transcripts are likewise very low in Latency III, typically at levels similar to or less than EBNA1 transcripts. Thirdly, a subset of lytic gene transcripts is detectable in Burkitt lymphoma lines at low levels, including: BILF1, which has oncogenic properties, and the poorly characterized LF1, LF2 and LF3 genes. Analysis of seven African BL biopsies confirmed this transcription profile but additionally revealed significant expression of LMP2 transcripts. We have validated a QPCR array platform to quantify Epstein–Barr virus transcripts. Detection of 45 viral transcripts starting from ng amounts of RNA. EBNA1 transcript levels are remarkably low in all forms of latency. BILF1, LF1, LF2 and LF3 transcripts are detectable in Burkitt lymphoma lines. Significant levels of LMP2 transcripts were also detected in BL biopsies.
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